sample.tex

\RequirePackage{plautopatch}
\documentclass[uplatex,dvipdfmx,a5paper]{jsarticle}

\usepackage{hyperref}
\usepackage{pxjahyper}
\usepackage{cite}
\usepackage{xcolor}
\hypersetup{
% 枠に色はつかないがリンクの文字列には色がつく
colorlinks=true,
citebordercolor=green,
linkbordercolor=red,
urlbordercolor=cyan,
% 単に色が消滅
%colorlinks=false,
%citebordercolor=green,
%linkbordercolor=red,
%urlbordercolor=cyan,
}

\title{各種リンクをarXivのように枠で囲いたいが文字の色が変わるだけにしかならない}
\author{phasetr\\\url{http://phasetr.com}}
\date{\today}

\begin{document}

\maketitle

\section{参考リンク}
\href{https://qiita.com/birdwatcher/items/d354560dac9b0a991f1e}{LaTeXでハイパーリンクに色を付ける: ジャーナル論文や学会テンプレートへの対応}

\subsection{サブセクション}
subsection\footnote{footnote}.

\subsubsection{サブサブセクション}
subsubsection\cite{A}.

\small{
\begin{thebibliography}{99}
\bibitem{A}
\href{http://phasetr.com}{リンクのテスト}
\end{thebibliography}

}
\end{document}

上のファイルのコンパイル結果。リンクに色はつくが枠がつかない。枠をつけたい。