make_ortholog_dict

ortholog_table.py3

f = open('201110_allseq_colors.tsv', 'r')

orth_dict = {}   ##初期化
color_dict = {}

for linen in f:
    line = linen.rstrip()                  ##改行の削除
    values = line.split("\t")
    ortholog_id = values[0]
    orth_dict.setdefault(ortholog_id, {})   ##1段目の辞書初期化
    g = values[1].split(":")
    animal = g[0]
    geneid = g[1]
    gene2 = values[6]
    if (animal == 'plewa04') and (values[10] != '***'):
        color_dict[geneid] = values[10]    
    orth_dict[ortholog_id].setdefault(animal, [])   ##2段目の辞書初期化
    if (animal == 'plewa04') or (animal == 'xentr'):
        orth_dict[ortholog_id][animal].append(geneid)
    else:
        orth_dict[ortholog_id][animal].append(gene2)
f.close

print(orth_dict)     ##チェック用のデバッグ文
# {
# {'1.24': 
#      {'plewa04': ['M0258755_PLEWA04'], 
#       'xenla': ['gene50849', 'MSTRG.41143'], 
#       'xentr': ['gene15736', 'gene33556', 'gene30112']
#      }
#}

print(color_dict)
#{'M1270405_PLEWA04': 'lightcyan'}.....