Test scripts for vsearch functions, to generate example data for the vsearch Galaxy tools

vsearch_clustering_tests.sh

#!/bin/sh
#
# Generate test outputs for clustering
#
# Existing test case (--cluster_fast)
vsearch  \
    --notrunclabels \
    --cluster_fast BioMarKs5k.fsa.bz2 \
    --maxrejects 2 \
    --maxaccepts 1 \
    --id 0.99 \
    --centroids clustering_centroids_result1.fasta \
    --alnout clustering_alnout_result1.fasta \
    --blast6out clustering_blast6out_result1.tab \
    --notmatched clustering_notmatched_result1.fasta \
    --qmask dust \
    --strand plus
#
# New test cases
#
# --cluster_smallmem
vsearch  \
    --notrunclabels \
    --cluster_smallmem BioMarKs5k.fsa.bz2 \
    --maxrejects 2 \
    --maxaccepts 1 \
    --id 0.99 \
    --centroids clustering_centroids_result2.fasta \
    --blast6out clustering_blast6out_result2.tab \
    --notmatched clustering_notmatched_result2.fasta \
    --qmask dust \
    --sizeout \
    --strand plus \
    --usersort
#
# --cluster_smallmem with uclust-like output
vsearch  \
    --notrunclabels \
    --cluster_smallmem BioMarKs5k.fsa.bz2 \
    --maxrejects 2 \
    --maxaccepts 1 \
    --id 0.99 \
    --centroids clustering_centroids_result3.fasta \
    --qmask dust \
    --sizeout \
    --strand plus \
    --uc clustering_uc_result3.fasta \
    --usersort
#
# --cluster_smallmem with non-default --iddef
vsearch  \
    --notrunclabels \
    --cluster_smallmem BioMarKs5k.fsa.bz2 \
    --maxrejects 2 \
    --maxaccepts 1 \
    --id 0.99 \
    --centroids clustering_centroids_result4.fasta \
    --qmask dust \
    --sizeout \
    --strand plus \
    --iddef 0 \
    --usersort
#
# --cluster_fast with --qmask none
vsearch  \
    --notrunclabels \
    --cluster_fast BioMarKs5k.fsa.bz2 \
    --maxrejects 2 \
    --maxaccepts 1 \
    --id 0.99 \
    --centroids clustering_centroids_result5.fasta \
    --qmask none \
    --strand plus

vsearch_dereplication_tests.sh

#!/bin/sh
#
# Generate output test data for  vsearch dereplication
#
./vsearch \
--derep_fulllength AF091148_first_rep.fsa.bz2 \
--maxuniquesize 100000 \
--minuniquesize 1 \
--output dereplication_result2.fasta \
--sizeout \
--strand both
#
./vsearch \
--derep_fulllength AF091148_first_rep.fsa.bz2 \
--maxuniquesize 100000 \
--minuniquesize 1 \
--output dereplication_result3.fasta \
--sizeout \
--strand both \
--topn 10000 \
--uc dereplication_uc_result3.fasta
##
#

vsearch_sorting_tests.sh

#!/bin/sh
#
# Generate test outputs for sorting
#
# --sortbysize
vsearch \
    --notrunclabels  \
    --sortbysize "db.fasta" \
    --output sorting_result1.fasta \
#
# --sortbylength
vsearch \
    --notrunclabels  \
    --sortbylength "db.fasta" \
    --output sorting_result2.fasta \
#
# --relabel
vsearch \
    --notrunclabels  \
    --sortbylength "db.fasta" \
    --output sorting_result3.fasta \
    --relabel "TEST"
#
# --sizeout
vsearch  \
    --notrunclabels  \
    --sortbylength "db.fasta" \
    --output sorting_result4.fasta \
    --sizeout
#
# --relabel with spaces
vsearch  \
    --notrunclabels  \
    --sortbylength "db.fasta" \
    --output sorting_result5.fasta \
    --relabel "With spaces"