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checkoutしてる側でsubmoduleのリポジトリ変更に追従
# [submodule "module-name"] から対象のリポジトリエントリを削除
$ vim .git/config
# それまでcheckoutしていたリポジトリを削除
$ cd .git/modules
$ rm -rf module-name
# Dマークが付くが、無視して再度submoduleを初期化
$ git submodule update --init
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