mwe.Rmd

---
title: "CDM opleidingen"
author: "Emiliano Heyns"
date: "6/10/2020"
output:
  html_document: default
  word_document: default
---

```{r setup, include=FALSE}
# load libraries, optionally install them
if(!require(pacman)){
  install.packages("pacman")
  library(pacman)
}
pacman::p_load(devtools,rmdformats,rstudioapi,keyring,DBI,knitr,odbc)
p_load_gh("bergant/datamodelr")
p_load_gh("rich-iannone/DiagrammeR")
p_load_gh("rkrug/plantuml")
p_update()

# set up DB connections
connect <- function(server, database) {
  service <- paste('database', server)
  username <- keyring::key_list(service)[1,2]
  if (is.na(username)) {
    username <- rstudioapi::askForPassword("Please enter your username (or 'integrated')")
    keyring::key_set(service=service,  username = username)
  }

  if (username == 'integrated') {
    conn <- dbConnect(odbc::odbc(), 
      Driver   = "SQL Server",
      Server   = server,
      Port     = 1433,
      Database = database,
      trusted_connection = TRUE
    )
  } else {
    conn <- dbConnect(odbc::odbc(), 
      Driver   = "ODBC Driver 17 for SQL Server",
      Server   = server,
      Port     = 1433,
      Database = database,
      UID      = username,
      PWD      = keyring::key_get(service, username)
    )
  }
  return(conn)
}

# register plantuml to draw graphs
#knitr::knit_engines$set(plantuml = function(options) {
#  code <- paste(options$code, collapse = "\n")
#  
#  if (is.null(options$plantuml.path)) {
#    path <-  "."
#  } else {
#    path <- options$plantuml.path
#  }
#  
#  dir.create(path, showWarnings = FALSE, recursive = TRUE)
#  fig <- paste0(options$label, ".", "png")
#  fig <- file.path(path, fig)
#  if (options$eval) plot(x = plantuml(code), vector=FALSE, file=fig)
#  knitr::engine_output(options, out = list(knitr::include_graphics(fig)))
#})

# register ignore to comment out chunks of markdown
knitr::knit_engines$set(ignore = function(options) {
  ''
})

# set chunk defaults
#knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(connection = "imao2_snapshots")
```

# Inleiding

Het HIVL project start op dit moment aan de applicaties in de cluster CATS/Alluris. Anders dan bij de eerdere applicaties uit het cluster eHRM was het CDM deel voor opleidingen nog niet uitgewerkt; de entiteiten waren bekend, maar de data die daarin geborgd ging worden (de zogeheten attributen behorend bij de entiteiten) waren nog niet bij die entiteiten ondergebracht. In dit document worden zowel de attributen uitgewerkt, als in een enigszins technische vorm de transformatie van de bron systemen naar het CDM formaat beschreven als concrete demonstratie van wat de ontsluiting zou opleveren.

```{plantuml mapping-flow, eval=T, plantuml.path="images"}
@startuml
left to right direction
scale 2.0

object "bron fysiek" as bron {
  Het fysieke datamodel
  van CATS/VLS/Alluris
}

object "bron UI/logisch" as ui {
  Het logische datamodel
}

note bottom {
  Dit is gelijk aan wat de gui van het bronsysteem laat zien.
  FB kan hiermee de juistheid van queries toetsen.
}

object "logica herstellen" as logic #lightgreen {
  het fysieke datamodel
  terugbrengen naar het model
  van de gebruikersinterface
}

object "mapping naar CDM" as map #lightgreen {
  vertalen van bron-entiteiten
  naar canonieke entiteiten
}

object "CDM" as cdm {
  Het canonieke datamodel
}

bron --> logic
logic--> ui
ui --> map
map --> cdm
@enduml
```