Jag kör varje tema och plugin i sin egen katalog i /www/wordpress med var sitt git repo.
Jag har sedan två installationer av wordpress, /www/wpstable som kör senaste stable och /www/wpnightly som kör bleeding edge beta.
Under utveckling så länkar jag in varje tema och plugin i wpstable/wp-content/themes och plugins. Detta ställer till det lite ibland i WordPress dock.
Sedan kör jag ett git remote repo på vår driftserver som jag pushar till och gör manuell git pull när jag vill uppdatera.
När jag startar ett nytt projekt har jag tidigare kopierat från vårt starter tema, https://github.com/montania/WP-Theme-Boilerplate, men på sistone har jag gjort en git clone från det repot och sedan ändrat det till en read only remote så att jag inte av misstag pushar tillbaks. Sedan lägger jag till ett separat remote repo för det specifika temat.
Tanken har varit att om jag då fixar något i boileplate kan jag hämta in de ändringarna till alla teman som använder boilerplate, men har aldrig fått anledning att testa det på riktigt.