Para salvar informações na conta do cliente durante o checkout é preciso fazer um "de para" no config.xml. O nome do nó varia conforme o checkout utilizado, pois ele é acionado em um dispatch como por exemplo:
Mage::helper('core')->copyFieldset('checkout_onepage_billing', 'to_customer', $bill, $customer);
Exemplo do config.xml (ref. /app/code/core/Mage/Checkout/etc/config.xml)
<config>
<global>
<fieldsets>
<checkout_onepage_billing>
<dob><to_customer>dob</to_customer></dob>
<gender><to_customer>gender</to_customer></gender>
</checkout_onepage_billing>
</fieldsets>
</global>
</config>
ou
<config>
<global>
<fieldsets>
<checkout_onepage_quote>
<dob><to_customer>dob</to_customer></dob>
<gender><to_customer>gender</to_customer></gender>
</checkout_onepage_quote>
</fieldsets>
</global>
</config>