override-template-in-module.php

// Para que busque el template en el módulo.

/**
* Implements hook_theme().
*/
function modulename_theme($existing, $type, $theme, $path) {
  $templates_path = $path . '/templates/';
  return [
    'node__content_type' => [
      // El base_hook en este caso es node. 
      'base hook' => 'node',
      // Si queremos que tenga otro nombre el template.
      'template' => 'my-custom-name',
      // Si queremos que busque en otra carpeta.
      'path' => $templates_path . 'content',
    ],
  ];
}

// Si se quiere sobrescribir el template de la página `node__content_type`, pues el template ya está en el theme.

/**
* Implements hook_theme_registry_alter().
*/
function my_module_theme_registry_alter(&$theme_registry) {
  $theme_registry['node__content_type']['path'] = drupal_get_path('module', 'my_module') . '/templates';
}