covid19mx_defunciones_diarias

# -*- coding: utf-8 -*-
"""
GENERAR FIGURAS DE LA EVOLUCIÓN DE DEFUNCIONES POR COVID-19 EN MÉXICO

Con cambios menores, este código puede ser usado para cualquier otro
municipio o estado de interés.

Created on Fri May 22 10:53:26 2020
@author: r.realrangel@gmail.com
"""
from datetime import datetime as dt
from pathlib import Path
import datetime
import os
import pandas as pd
from matplotlib import dates as mdates
from matplotlib import pyplot as plt

source_dir = 'C:/'  # Directorio que contiene los archivos CSV de la base de datos de COVID-19.
output_dir = 'C:/'  # Directorio donde se guardarán las figuras en formato PNG.
files = sorted(list(Path(source_dir).glob(pattern='**/*.csv')))
month_num = {
    1: 'enero', 2: 'febrero', 3: 'marzo', 4: 'abril', 5: 'mayo', 6: 'junio',
    7: 'julio', 8: 'agosto', 9: 'septiembre', 10: 'octubre', 11: 'noviembre',
    12: 'diciembre'
    }
month_num_abr = {
    1: 'ene', 2: 'feb', 3: 'mar', 4: 'abr', 5: 'may', 6: 'jun', 7: 'jul',
    8: 'ago', 9: 'sep', 10: 'oct', 11: 'nov', 12: 'dic'
    }

for file in files[-1:]:
    # Datos
    dayn = file.stem[4:6]
    day = str(int(dayn))
    monthn = file.stem[2:4]
    month = month_num[int(monthn)]
    year = '20' + str(int(file.stem[:2]))

    db = pd.read_csv(file, encoding='latin')
    db.index = pd.to_datetime(db['FECHA_SINTOMAS']) + pd.to_timedelta(1, 'd')
    def_pos = db.loc[
        (db['ENTIDAD_RES'] == 2) &  # 2: Baja California
        (db['MUNICIPIO_RES'] == 2) &  # 2: Mexicali
        (db['FECHA_DEF'] != '9999-99-99') &
        (db['RESULTADO'] == 1)  # 1: Positivo
        ]
    def_sos = db.loc[
        (db['ENTIDAD_RES'] == 2) &  # 2: Baja California
        (db['MUNICIPIO_RES'] == 2) &  # 2: Mexicali
        (db['FECHA_DEF'] != '9999-99-99') &
        (db['RESULTADO'] == 3)  # 3: Sospechoso
        ]
    def_pos.index = pd.to_datetime(def_pos['FECHA_DEF'])
    def_sos.index = pd.to_datetime(def_sos['FECHA_DEF'])
    def_pos = def_pos['FECHA_DEF'].groupby(def_pos.index).count()
    def_sos = def_sos['FECHA_DEF'].groupby(def_sos.index).count()
    new_index = pd.date_range(
        start=min(def_pos.index[0], def_sos.index[0]),
        end=pd.to_datetime(
            '-'.join([year, monthn, dayn])
            ))
    def_pos = def_pos.reindex(new_index).fillna(0)
    def_sos = def_sos.reindex(new_index).fillna(0)
    defunc_accum = def_pos.cumsum()

    # %% Plot
    fig, ax = plt.subplots()
    ax.set_title(
        'Defunciones por COVID-19 en Mexicali, B. C.,\n'
        'al {day} de {month} de 2020'.format(
            day=day,
            month=month
            ),
        fontsize=14
        )
    ax.bar(
        x=def_pos.index,
        height=def_pos,
        color=[38/255, 38/255, 38/255],
        width=1,
        label='Defunciones (positivos)'
        )
    ax.bar(
        x=def_sos.index,
        height=def_sos,
        color=[127/255, 127/255, 127/255],
        width=1,
        label='Defunciones (sospechosos)',
        bottom=def_pos
        )
    ax2 = ax.twinx()
    ax2.plot(
        defunc_accum,
        color=[239/255, 71/255, 111/255],
        linewidth=2.5,
        label='Defunciones acumuladas'
        )
    xfrom = datetime.datetime(
        year=2020,
        month=3,
        day=11
        )
    xto = datetime.datetime(
        year=2020,
        month=6,
        day=8
        )
    ax.set_xlim(xfrom, xto)
    ax.grid(True)
    ax.set_axisbelow(True)
    ax.set_ylim(0, 25)
    ax2.set_ylim(0, 500)
    ax.set_xlabel('Fecha (dd-mm)')
    ax.set_ylabel('Defunciones diarias')
    ax2.set_ylabel('Defunciones acumuladas')
    myFmt = mdates.DateFormatter("%d-%m")
    ax.xaxis.set_major_formatter(myFmt)
    fig.legend(loc=(0.125, 0.69))
    filedate = dt.utcfromtimestamp(os.path.getctime(file)).strftime(
        '%d/%m/%Y'
        )
    disclaimer = [
        'La información presentada se proporciona en las condiciones en que se encuentra, sin que se asuma la obligación de ofrecer ningún tipo de garantía. El autor se',
        'limita a proporcionar la información en los términos más precisos posibles derivada de la base de COVID-19, publicada por la Dirección General de Epidemiología',
        'de la Secretaría de Salud, disponible en https://www.gob.mx/salud/documentos/datos-abiertos-152127 y consultados el {}. Así mismo, el autor no será'.format('08/06/20'),  #format(filedate),  #
        'responsable de las posibles imprecisiones, errores u omisiones contenidos en dicha base de datos, así como daños directos, indirectos o riesgos financieros',
        'asociados al uso de esta.'
        ]

    for r, row in enumerate(disclaimer):
        fig.text(
            x=0.025,
            y=0.125 - (r * 0.025),
            s=row,
            ha='left',
            fontdict=dict(size=5, color='gray'),
            wrap=True
            )

    fig.subplots_adjust(bottom=0.3)
    output_fname = (
        output_dir +
        '/' + 'covid19_defunciones_mxli_{year}{month}{day}.png'.format(
            year=year,
            month=monthn,
            day=dayn
            )
        )
    fig.savefig(
        fname=output_fname,
        dpi=400,
        bbox_inches="tight"
        )