GEOquery.Rmd

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title: "GEOからのデータの取得"
output: html_document
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### GEOからデータを取ってくる

[GEOから遺伝子発現データを取ってくる](https://qiita.com/motthy/items/468e338c59c7d3dcd0d0)をなぞる形で大規模遺伝子発現データを取ってきてみます

それなりのツールとして提供されていますが、それなりに面倒くさいです。

とはいえ、自分で全部コードを書くよりは速いでしょう。



```{r}
# install.packages(c("Biobase","BiocManager","data.table")c
# BiocManager::install("GEOquery")
```

```{r}
library(Biobase)
library(GEOquery)
library(data.table)
```

```{r}
#gsem <- getGEO("GSE59143",GSEMatrix = T)
#gse <- getGEO("GSE59143",GSEMatrix = F) 
```
```{r}
#save(dat,file = "GSE59143.Rdata")
```
すでに時間のかかるダウンロード処理は終えて、.Rdataファイルとして保管してあるので、読み込むだけにしておいた。
そのためのコードライン。
```{r}
load(file = "GSE59143.Rdata")
```
```{r}
x <- pData(phenoData(gsem[[1]]))
y <- gse@gsms
dat <- Table(y[[1]])
dat <- dat[,1:2]
for (i in 2:length(y)){
  sub_dat <- Table(y[[i]])
  dat <- cbind(dat,sub_dat[,2])
}
dat <- data.frame(dat,row.names = 1)
colnames(dat) <- x$geo_accession
```

```{r}
image(as.matrix(dat))
```
```{r}
cor.mat <- cor(as.matrix(dat))
image(cor.mat)
```

```{r}
d <- dist(t(as.matrix(dat)))
plot(hclust(d))
```
```{r}
#heatmap(as.matrix(dat))
```

```{r}
#save(dat,file = "GSE59143.Rdata")
```
```{r}
#load(file = "GSE59143.Rdata")
```