Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

@sckott
Last active August 29, 2015 13:59
Show Gist options
  • Save sckott/10484510 to your computer and use it in GitHub Desktop.
Save sckott/10484510 to your computer and use it in GitHub Desktop.
ALM data from four sources

Install and load alm

devtools::install_github("ropensci/alm")
library("alm")

PLOS article data

The default in the alm package is for the PLOS ALM app. You do need to get an API key first. You can pass in the key parameter or store in your .Rprofile file and pass in that way, or do options(PlosApiKey = "yourkey") and that will be stored for your current R session.

alm(doi = "10.1371/journal.pone.0036240", key = getOption("PlosApiKey"))
                      .id  pdf  html shares groups comments likes citations total
1               citeulike   NA    NA      5     NA       NA    NA        NA     5
2                crossref   NA    NA     NA     NA       NA    NA         4     4
3                  nature   NA    NA     NA     NA       NA    NA         1     1
4                  pubmed   NA    NA     NA     NA       NA    NA         5     5
5                  scopus   NA    NA     NA     NA       NA    NA         7     7
6                 counter 1077 15524     NA     NA       NA    NA        NA 16645
7        researchblogging   NA    NA     NA     NA       NA    NA         1     1
8                     wos   NA    NA     NA     NA       NA    NA         0     0
9                     pmc   50   169     NA     NA       NA    NA        NA   219
10               facebook   NA    NA     72     NA       57    56        NA   185
11               mendeley   NA    NA     63      0       NA    NA        NA    63
12                twitter   NA    NA     NA     NA      156    NA        NA   156
13              wikipedia   NA    NA     NA     NA       NA    NA         0     0
14          scienceseeker   NA    NA     NA     NA       NA    NA         0     0
15         relativemetric   NA    NA     NA     NA       NA    NA        NA 43647
16                  f1000   NA    NA     NA     NA       NA    NA         0     0
17               figshare    0     0     NA     NA       NA     0        NA     0
18              pmceurope   NA    NA     NA     NA       NA    NA         5     5
19          pmceuropedata   NA    NA     NA     NA       NA    NA         0     0
20            openedition   NA    NA     NA     NA       NA    NA         0     0
21              wordpress   NA    NA     NA     NA       NA    NA         1     1
22                 reddit   NA    NA     NA     NA        0     0        NA     0
23               datacite   NA    NA     NA     NA       NA    NA         0     0
24             copernicus   NA    NA     NA     NA       NA    NA        NA     0
25        articlecoverage   NA    NA     NA     NA       NA    NA         0     0
26 articlecoveragecurated   NA    NA     NA     NA       NA    NA         0     0
27          plos_comments   NA    NA     NA     NA        3    NA        NA     4

Crossref

You need to get a Crossref ALM API key first, and pass in a different URL

url <- "http://alm.labs.crossref.org/api/v3/articles"
alm(doi = "10.1371/journal.pone.0086859", url = url, key = getOption("crossrefalmkey"))
##                 .id pdf html shares groups comments likes citations total
## 1         wordpress  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 2          crossref  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 3          mendeley  NA   NA     NA   TRUE       NA    NA        NA     0
## 4          facebook  NA   NA      0     NA        0     0        NA     0
## 5  researchblogging  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 6               pmc  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 7        copernicus  NA   NA     NA     NA       NA    NA        NA     0
## 8    twitter_search  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 9         citeulike  NA   NA      0     NA       NA    NA        NA     0
## 10           pubmed  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 11           reddit  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 12        wikipedia  NA   NA     NA     NA       NA    NA         2     2
## 13   doi_resolution  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 14         datacite  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 15        pmceurope  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 16    pmceuropedata  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 17    scienceseeker  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 18           nature  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 19      openedition  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0

Public Knowledge Project (PKP)

You need to get a PKP ALM API key first, and pass in a different URL

url <- "http://pkp-alm.lib.sfu.ca/api/v3/articles"
alm(doi = "10.3402/gha.v7.23554", url = url, key = getOption("pkpalmkey"))
##                 .id pdf html shares groups comments likes citations total
## 1         citeulike  NA   NA      0     NA       NA    NA        NA     0
## 2            pubmed  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 3         wikipedia  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 4          mendeley  NA   NA     NA   TRUE       NA    NA        NA     0
## 5          facebook  NA   NA      1     NA        0     0        NA     1
## 6            nature  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 7  researchblogging  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 8          crossref  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 9     scienceseeker  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 10        pmceurope  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 11    pmceuropedata  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 12      openedition  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 13        wordpress  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 14           reddit  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 15       copernicus  NA   NA     NA     NA       NA    NA        NA     0

Copernicus publishers

You need to get a Copernicus ALM API key first, and pass in a different URL

url <- "http://metricus.copernicus.org/api/v3/articles"
alm(doi = "10.5194/acpd-14-8287-2014", url = url, key = getOption("copernicusalmkey"))
##                 .id pdf html shares groups comments likes citations total
## 1         citeulike  NA   NA      0     NA       NA    NA        NA     0
## 2            pubmed  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 3     scienceseeker  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 4            nature  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 5         wikipedia  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 6          crossref  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 7          facebook  NA   NA      0     NA        0     0        NA     0
## 8          mendeley  NA   NA     NA   TRUE       NA    NA        NA     0
## 9  researchblogging  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 10       copernicus  71  103     NA     NA       NA    NA        NA   178
## 11        pmceurope  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 12    pmceuropedata  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 13      openedition  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 14        wordpress  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 15           reddit  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0

eLife

You need to get an eLife ALM API key first at their ALM page, and pass in a different URL

url <- 'http://alm.svr.elifesciences.org/api/v3/articles'
alm(doi='10.7554/eLife.00471', url = url, key = getOption("elifealmkey"))
              .id pdf html shares groups comments likes citations total
1             pmc  58  161     NA     NA       NA    NA        NA   219
2        crossref  NA   NA     NA     NA       NA    NA       112   112
3          scopus  NA   NA     NA     NA       NA    NA       100   100
4        facebook  NA   NA      1     NA        0     0        NA     1
5        mendeley  NA   NA    384      0       NA    NA        NA   384
6  twitter_search  NA   NA     NA     NA        0    NA        NA     0
7       citeulike  NA   NA      1     NA       NA    NA        NA     1
8          pubmed  NA   NA     NA     NA       NA    NA        56    56
9       wordpress  NA   NA     NA     NA       NA    NA         4     4
10         reddit  NA   NA     NA     NA        0     0        NA     0
11      wikipedia  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
12       datacite  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
13      pmceurope  NA   NA     NA     NA       NA    NA       108   108
14  pmceuropedata  NA   NA     NA     NA       NA    NA         1     1
15  scienceseeker  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
16         nature  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
17    openedition  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
18          f1000  NA   NA     NA     NA       NA    NA         4     4
19  plos_comments  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
20       connotea  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
21    postgenomic  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
22      bloglines  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
23           biod  NA   NA     NA     NA       NA    NA        NA     0

el fin!

Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment