Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

@sckott
Created April 11, 2014 17:07
Show Gist options
  • Save sckott/10484781 to your computer and use it in GitHub Desktop.
Save sckott/10484781 to your computer and use it in GitHub Desktop.
ALM data from four sources

Install and load alm

install_github("ropensci/alm")
library("alm")

PLOS article data

The default in the alm package is for the PLOS ALM app. You do need to get an API key first here http://alm.plos.org/. You can pass in the key parameter or store in your .Rprofile file and pass in that way, or do options(PlosApiKey = "yourkey") and that will be stored for your current R session.

alm(doi = "10.1371/journal.pone.0036240")
##                       .id  pdf  html shares groups comments likes
## 1               citeulike   NA    NA      5     NA       NA    NA
## 2                crossref   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 3                  nature   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 4                  pubmed   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 5                  scopus   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 6                 counter 1054 15067     NA     NA       NA    NA
## 7        researchblogging   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 8                     pmc   31   119     NA     NA       NA    NA
## 9                facebook   NA    NA     70     NA       57    55
## 10               mendeley   NA    NA     63      0       NA    NA
## 11                twitter   NA    NA     NA     NA      151    NA
## 12              wikipedia   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 13          scienceseeker   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 14         relativemetric   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 15                  f1000   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 16               figshare   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 17              pmceurope   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 18          pmceuropedata   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 19            openedition   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 20              wordpress   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 21                 reddit   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 22               datacite   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 23             copernicus   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 24        articlecoverage   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 25 articlecoveragecurated   NA    NA     NA     NA       NA    NA
## 26          plos_comments   NA    NA     NA     NA        2    NA
## 27         twitter_search   NA    NA     NA     NA       NA    NA
##    citations total
## 1         NA     5
## 2          3     3
## 3          1     1
## 4          5     5
## 5          7     7
## 6         NA 16163
## 7          1     1
## 8         NA   150
## 9         NA   182
## 10        NA    63
## 11        NA   151
## 12         0     0
## 13         0     0
## 14        NA 33527
## 15         0     0
## 16         0     0
## 17         5     5
## 18         0     0
## 19         0     0
## 20         1     1
## 21         0     0
## 22         0     0
## 23        NA     0
## 24         0     0
## 25         0     0
## 26        NA     3
## 27         0     0

Crossref article data

You need to get a Crossref ALM API key first here http://alm.labs.crossref.org/docs/Home, and pass in a different URL

url <- "http://alm.labs.crossref.org/api/v3/articles"
alm(doi = "10.1371/journal.pone.0086859", url = url, key = getOption("crossrefalmkey"))
##                 .id pdf html shares groups comments likes citations total
## 1         wordpress  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 2          crossref  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 3          mendeley  NA   NA     NA   TRUE       NA    NA        NA     0
## 4          facebook  NA   NA      0     NA        0     0        NA     0
## 5  researchblogging  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 6               pmc  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 7        copernicus  NA   NA     NA     NA       NA    NA        NA     0
## 8    twitter_search  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 9         citeulike  NA   NA      0     NA       NA    NA        NA     0
## 10           pubmed  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 11           reddit  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 12        wikipedia  NA   NA     NA     NA       NA    NA         2     2
## 13   doi_resolution  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 14         datacite  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 15        pmceurope  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 16    pmceuropedata  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 17    scienceseeker  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 18           nature  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 19      openedition  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0

Public Knowledge Project (PKP) article data

You need to get a PKP ALM API key first here http://pkp-alm.lib.sfu.ca/, and pass in a different URL

url <- "http://pkp-alm.lib.sfu.ca/api/v3/articles"
alm(doi = "10.3402/gha.v7.23554", url = url, key = getOption("pkpalmkey"))
##                 .id pdf html shares groups comments likes citations total
## 1         citeulike  NA   NA      0     NA       NA    NA        NA     0
## 2            pubmed  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 3         wikipedia  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 4          mendeley  NA   NA     NA   TRUE       NA    NA        NA     0
## 5          facebook  NA   NA      1     NA        0     0        NA     1
## 6            nature  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 7  researchblogging  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 8          crossref  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 9     scienceseeker  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 10        pmceurope  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 11    pmceuropedata  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 12      openedition  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 13        wordpress  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 14           reddit  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 15       copernicus  NA   NA     NA     NA       NA    NA        NA     0

Copernicus publishers article data

You need to get a Copernicus ALM API key first here http://metricus.copernicus.org/, and pass in a different URL

url <- "http://metricus.copernicus.org/api/v3/articles"
alm(doi = "10.5194/acpd-14-8287-2014", url = url, key = getOption("copernicusalmkey"))
##                 .id pdf html shares groups comments likes citations total
## 1         citeulike  NA   NA      0     NA       NA    NA        NA     0
## 2            pubmed  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 3     scienceseeker  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 4            nature  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 5         wikipedia  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 6          crossref  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 7          facebook  NA   NA      0     NA        0     0        NA     0
## 8          mendeley  NA   NA     NA   TRUE       NA    NA        NA     0
## 9  researchblogging  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 10       copernicus  71  103     NA     NA       NA    NA        NA   178
## 11        pmceurope  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 12    pmceuropedata  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 13      openedition  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 14        wordpress  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
## 15           reddit  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0

__el fin!__
Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment