Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

@sckott
Created February 24, 2014 17:15
Show Gist options
  • Star 1 You must be signed in to star a gist
  • Fork 0 You must be signed in to fork a gist
  • Save sckott/9192541 to your computer and use it in GitHub Desktop.
Save sckott/9192541 to your computer and use it in GitHub Desktop.
Get alm data for DOIs via Crossref using the alm R package

load alm

library(alm)

Define vector of DOIs, and search

Remember to get your api key, pass it in in the key parameter. Notice that we are passing the base url for the Crossref API, whereas the default is for the PLOS url http://alm.plos.org/api/v3/articles

url = "http://alm.labs.crossref.org/api/v3/articles"
dois <- c("10.1371/journal.pone.0086859", "10.1038/nature12990", "10.5860/choice.51-3037", "10.1111/jeb.12289")
alm(doi=dois, url = url, key=getOption("crossrefalmkey"))

The output

[[1]]
                .id pdf html shares groups comments likes citations total
1       openedition  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
2          crossref  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
3          mendeley  NA   NA     NA   TRUE       NA    NA        NA     0
4          facebook  NA   NA      0     NA        0     0        NA     0
5  researchblogging  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
6               pmc  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
7        copernicus  NA   NA     NA     NA       NA    NA        NA     0
8    twitter_search  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
9         citeulike  NA   NA      0     NA       NA    NA        NA     0
10           pubmed  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
11        wordpress  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
12           reddit  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
13        wikipedia  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
14   doi_resolution  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
15         datacite  NA   NA     NA     NA       NA    NA         1     1
16        pmceurope  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
17    pmceuropedata  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
18    scienceseeker  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
19           nature  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0

[[2]]
                .id pdf html shares groups comments likes citations total
1          crossref  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
2          mendeley  NA   NA     NA   TRUE       NA    NA        NA     0
3          facebook  NA   NA      0     NA        0     0        NA     0
4  researchblogging  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
5               pmc  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
6        copernicus  NA   NA     NA     NA       NA    NA        NA     0
7    twitter_search  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
8         citeulike  NA   NA      0     NA       NA    NA        NA     0
9            pubmed  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
10        wordpress  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
11           reddit  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
12        wikipedia  NA   NA     NA     NA       NA    NA         6     6
13   doi_resolution  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
14         datacite  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
15        pmceurope  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
16    pmceuropedata  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
17    scienceseeker  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
18           nature  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
19      openedition  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0

[[3]]
                .id pdf html shares groups comments likes citations total
1       openedition  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
2          crossref  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
3          mendeley  NA   NA     NA   TRUE       NA    NA        NA     0
4          facebook  NA   NA      0     NA        0     0        NA     0
5  researchblogging  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
6               pmc  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
7        copernicus  NA   NA     NA     NA       NA    NA        NA     0
8    twitter_search  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
9         citeulike  NA   NA      0     NA       NA    NA        NA     0
10           pubmed  NA   NA     NA     NA       NA    NA        13    13
11        wordpress  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
12           reddit  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
13        wikipedia  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
14   doi_resolution  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
15         datacite  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
16        pmceurope  NA   NA     NA     NA       NA    NA         9     9
17    pmceuropedata  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
18    scienceseeker  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
19           nature  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0

[[4]]
                .id pdf html shares groups comments likes citations total
1          crossref  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
2          mendeley  NA   NA     NA   TRUE       NA    NA        NA     0
3          facebook  NA   NA      0     NA        0     0        NA     0
4  researchblogging  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
5               pmc  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
6        copernicus  NA   NA     NA     NA       NA    NA        NA     0
7    twitter_search  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
8         citeulike  NA   NA      0     NA       NA    NA        NA     0
9            pubmed  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
10        wordpress  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
11           reddit  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
12        wikipedia  NA   NA     NA     NA       NA    NA         3     3
13   doi_resolution  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
14         datacite  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
15        pmceurope  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
16    pmceuropedata  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
17    scienceseeker  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
18           nature  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0
19      openedition  NA   NA     NA     NA       NA    NA         0     0

Kinks

There are some kinks to work out, but this is out of the box basically, just replacing the base url and an api key. Pretty cool. Open source for the win!

@karthik
Copy link

karthik commented Feb 24, 2014

Awesome 👍

@gjuggler
Copy link

Very cool! Looking forward to playing with this.

@sckott
Copy link
Author

sckott commented Feb 24, 2014

Cool. Crossref data will be fun to play with.

Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment