Pythonコードを任意のエンコーディングに変換。#がコメント行として扱われるエンコーディングなら動作する。

base64-hello.py

#coding: base64
aW1wb3J0IHN5cwpzeXMuc3Rkb3V0LndyaXRlKCJIYXJ1byBXb3JsZCFcbiIpCg==

conv.py

import sys
prog, fname, codec = sys.argv
r = open(sys.argv[1]).read()
w = r.encode(codec)
f = open("%(codec)s-%(fname)s" % locals(), 'wt')
f.write('#coding: %(codec)s\n' % locals())
f.write(w)

gistfile1.txt

$ python hello.py
Haruo World!
$ python conv.py  hello.py rot13
$ python rot13-hello.py
Haruo World!
$ python base64-hello.py
  File "base64-hello.py", line 2
SyntaxError: bad argument type for built-in operation
$

hello.py

import sys
sys.stdout.write("Haruo World!\n")

rot13-hello.py

#coding: rot13
vzcbeg flf
flf.fgqbhg.jevgr("Unehb Jbeyq!\a")