sample.ts

module Hoge {
    export class Sample {
        constructor() {

        }

        methodA():void {
            alert('methodA');
        }

        methodB():void {
            alert('methodB');
        }
    }
}

var sample = new Hoge.Sample();
sample.methodA();
sample.methodB();

一旦全部削除してnpmのパッケージをすべてlocalインストールに切り替えたら期待取りに動作しました・・・

@vvakame 多分なんですが、globalでインストールされている物がだいぶ前にインストールしたnode_moduleの方を向いていて、期待しているものを参照してなかったのではないかと思います。
一旦関連するものをすべて削除した上で、nvmからnodeをインストール、rcファイルのpathをすべて精査した後にpackage.jsonでnpmで利用するmoduleを定義した上で、npm installでlocalインストールを実行したところ正しく動作しました。

過去のプロジェクトの呪いだと思って心清らかに乗り切ります・・・(当時関わったpjでたまたま使う必要があっただけで放置してた)

色々有り難うございます。npmのパッケージ管理とnvmの管理方法に詳しく慣れたので得るものも大きかった＞＜