遅すぎですが。 ちょっと変更しました。EPUB前提なら、XMLで読んだようがいろいろとよいのでNokogiri::HTMLではなくNokogiri::XMLにしてみました

Usage

$ gem install nokogiri 
$ ruby zen-to-han.rb < source.html > destination.html

zen-to-han.rb

# -*- coding: utf-8 -*-
require 'nokogiri'
doc = Nokogiri::XML.parse($stdin.read)

def zen_to_han(e)
  e.content = e.content.tr("ａ-ｚＡ-Ｚ","a-zA-Z") if e.text?
  e.children.each { |ec| zen_to_han ec } if e.elem?
end

zen_to_han doc.at 'body'
puts doc.to_s