Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

@sobolevnrm

sobolevnrm/amber-param.dat

Created December 23, 2020 01:58
Show Gist options
  • Star 0 You must be signed in to star a gist
  • Fork 0 You must be signed in to fork a gist
  • Save sobolevnrm/0dfbaf5c35404927d7b1b490120eb242 to your computer and use it in GitHub Desktop.
Save sobolevnrm/0dfbaf5c35404927d7b1b490120eb242 to your computer and use it in GitHub Desktop.
Download ZIP
AMBER parameters for APBS
Raw
amber-param.dat
CHARMM23
! all-atom charges and radii from amber94 parameter set
! note that polar hydrogens are given radius 1A here
!
! Converted to UHBD format by A. Elcock
! Ribo and URA params added in from AMBER data by N. Baker
!
resi atom chrg epsi sigm radi end
!
TE TE 1.00 0.000 0.000 0.000
!
! Deoxy GUA
DG P 1.1659 0.000 0.000 2.10
DG O1P -0.7761 0.000 0.000 1.6612
DG O2P -0.7761 0.000 0.000 1.6612
DG O5' -0.4954 0.000 0.000 1.6837
DG C5' -0.0069 0.000 0.000 1.9080
DG H5' 0.0754 0.000 0.000 1.3870
DG H5'' 0.0754 0.000 0.000 1.3870
DG C4' 0.1629 0.000 0.000 1.9080
DG H4' 0.1176 0.000 0.000 1.3870
DG O4' -0.3691 0.000 0.000 1.6837
DG C1' 0.0358 0.000 0.000 1.9080
DG H1' 0.1746 0.000 0.000 1.2870
DG N9 0.0577 0.000 0.000 1.8240
DG C4 0.1814 0.000 0.000 1.9080
DG N3 -0.6636 0.000 0.000 1.8240
DG C2 0.7432 0.000 0.000 1.9080
DG N1 -0.5053 0.000 0.000 1.8240
DG H1 0.3520 0.000 0.000 1.0000
DG N2 -0.9230 0.000 0.000 1.8240
DG H21 0.4235 0.000 0.000 1.0000
DG H22 0.4235 0.000 0.000 1.0000
DG C6 0.4918 0.000 0.000 1.9080
DG O6 -0.5699 0.000 0.000 1.6612
DG C5 0.1991 0.000 0.000 1.9080
DG N7 -0.5725 0.000 0.000 1.8240
DG C8 0.0736 0.000 0.000 1.9080
DG H8 0.1997 0.000 0.000 1.3590
DG C3' 0.0713 0.000 0.000 1.9080
DG H3' 0.0985 0.000 0.000 1.3870
DG O3' -0.5232 0.000 0.000 1.6837
DG C2' -0.0854 0.000 0.000 1.9080
DG H2' 0.0718 0.000 0.000 1.4870
DG H2'' 0.0718 0.000 0.000 1.4870
! Ribo GUA
RG P 1.1662 0.000 0.000 2.10
RG O1P -0.7760 0.000 0.000 1.6612
RG O2P -0.7760 0.000 0.000 1.6612
RG O5' -0.4989 0.000 0.000 1.6837
RG C5' 0.0558 0.000 0.000 1.9080
RG H5' 0.0679 0.000 0.000 1.3870
RG H5'' 0.0679 0.000 0.000 1.3870
RG C4' 0.1065 0.000 0.000 1.9080
RG H4' 0.1174 0.000 0.000 1.3870
RG O4' -0.3548 0.000 0.000 1.6837
RG C1' 0.0191 0.000 0.000 1.9080
RG H1' 0.2006 0.000 0.000 1.2870
RG N9 0.0492 0.000 0.000 1.8240
RG C8 0.1374 0.000 0.000 1.9080
RG H8 0.1640 0.000 0.000 1.3590
RG N7 -0.5709 0.000 0.000 1.8240
RG C5 0.1744 0.000 0.000 1.9080
RG C6 0.4770 0.000 0.000 1.9080
RG O6 -0.5597 0.000 0.000 1.6612
RG N1 -0.4787 0.000 0.000 1.8240
RG H1 0.3424 0.000 0.000 1.0000
RG C2 0.7657 0.000 0.000 1.9080
RG N2 -0.9672 0.000 0.000 1.8240
RG H21 0.4364 0.000 0.000 1.0000
RG H22 0.4364 0.000 0.000 1.0000
RG N3 -0.6323 0.000 0.000 1.8240
RG C4 0.1222 0.000 0.000 1.9080
RG C3' 0.2022 0.000 0.000 1.9080
RG H3' 0.0615 0.000 0.000 1.3870
RG C2' 0.0670 0.000 0.000 1.9080
RG H2'' 0.0972 0.000 0.000 1.4870
RG O2' -0.6139 0.000 0.000 1.6837
RG H2' 0.4186 0.000 0.000 1.4870
RG O3' -0.5246 0.000 0.000 1.6837
! Ribo URA
RU P 1.1662 0.000 0.000 2.10
RU O1P -0.7760 0.000 0.000 1.6612
RU O2P -0.7760 0.000 0.000 1.6612
RU O5' -0.4989 0.000 0.000 1.6837
RU C5' 0.0558 0.000 0.000 1.9080
RU H5' 0.0679 0.000 0.000 1.3870
RU H5'' 0.0679 0.000 0.000 1.3870
RU C4' 0.1065 0.000 0.000 1.9080
RU H4' 0.1174 0.000 0.000 1.3870
RU O4' -0.3548 0.000 0.000 1.6837
RU C1' 0.0674 0.000 0.000 1.9080
RU H1' 0.1824 0.000 0.000 1.2870
RU N1 0.0418 0.000 0.000 1.8240
RU C6 -0.1126 0.000 0.000 1.9080
RU H6 0.2188 0.000 0.000 1.4090
RU C5 -0.3635 0.000 0.000 1.9080
RU H5 0.1811 0.000 0.000 1.4090
RU C4 0.5952 0.000 0.000 1.9080
RU O4 -0.5761 0.000 0.000 1.6612
RU N3 -0.3549 0.000 0.000 1.8240
RU H3 0.3154 0.000 0.000 1.0000
RU C2 0.4687 0.000 0.000 1.9080
RU O2 -0.5477 0.000 0.000 1.6612
RU C3' 0.2022 0.000 0.000 1.9080
RU H3' 0.0615 0.000 0.000 1.3870
RU C2' 0.0670 0.000 0.000 1.9080
RU H2'' 0.0972 0.000 0.000 1.4870
RU O2' -0.6139 0.000 0.000 1.6837
RU H2' 0.4186 0.000 0.000 1.4870
RU O3' -0.5246 0.000 0.000 1.6837
! Deoxy ADE
DA P 1.1659 0.000 0.000 2.1000
DA O1P -0.7761 0.000 0.000 1.6612
DA O2P -0.7761 0.000 0.000 1.6612
DA O5' -0.4954 0.000 0.000 1.6837
DA C5' -0.0069 0.000 0.000 1.9080
DA H5' 0.0754 0.000 0.000 1.3870
DA H5'' 0.0754 0.000 0.000 1.3870
DA C4' 0.1629 0.000 0.000 1.9080
DA H4' 0.1176 0.000 0.000 1.3870
DA O4' -0.3691 0.000 0.000 1.6837
DA C1' 0.0431 0.000 0.000 1.9080
DA H1' 0.1838 0.000 0.000 1.2870
DA C5 0.0725 0.000 0.000 1.9080
DA N7 -0.6175 0.000 0.000 1.8240
DA C8 0.1607 0.000 0.000 1.9080
DA H8 0.1877 0.000 0.000 1.3590
DA N9 -0.0268 0.000 0.000 1.8240
DA N1 -0.7624 0.000 0.000 1.8240
DA C2 0.5716 0.000 0.000 1.9080
DA H2 0.0598 0.000 0.000 1.3590
DA N3 -0.7417 0.000 0.000 1.8240
DA C4 0.3800 0.000 0.000 1.9080
DA C6 0.6897 0.000 0.000 1.9080
DA N6 -0.9123 0.000 0.000 1.8240
DA H61 0.4167 0.000 0.000 1.0000
DA H62 0.4167 0.000 0.000 1.0000
DA C3' 0.0713 0.000 0.000 1.9080
DA H3' 0.0985 0.000 0.000 1.3870
DA O3' -0.5232 0.000 0.000 1.6837
DA C2' -0.0854 0.000 0.000 1.9080
DA H2' 0.0718 0.000 0.000 1.4870
DA H2'' 0.0718 0.000 0.000 1.4870
! Ribo ADE
RA P 1.1662 0.000 0.000 2.1000
RA O1P -0.7760 0.000 0.000 1.6612
RA O2P -0.7760 0.000 0.000 1.6612
RA O5' -0.4989 0.000 0.000 1.6837
RA C5' 0.0558 0.000 0.000 1.9080
RA H5' 0.0679 0.000 0.000 1.3870
RA H5'' 0.0679 0.000 0.000 1.3870
RA C4' 0.1065 0.000 0.000 1.9080
RA H4' 0.1174 0.000 0.000 1.3870
RA O4' -0.3548 0.000 0.000 1.6837
RA C1' 0.0394 0.000 0.000 1.9080
RA H1' 0.2007 0.000 0.000 1.2870
RA N9 -0.0251 0.000 0.000 1.8240
RA C8 0.2006 0.000 0.000 1.9080
RA H8 0.1553 0.000 0.000 1.3590
RA N7 -0.6073 0.000 0.000 1.8240
RA C5 0.0515 0.000 0.000 1.9080
RA C6 0.7009 0.000 0.000 1.9080
RA N6 -0.9019 0.000 0.000 1.8240
RA H61 0.4115 0.000 0.000 1.0000
RA H62 0.4115 0.000 0.000 1.0000
RA N1 -0.7615 0.000 0.000 1.8240
RA C2 0.5875 0.000 0.000 1.9080
RA H2 0.0473 0.000 0.000 1.3590
RA N3 -0.6997 0.000 0.000 1.8240
RA C4 0.3053 0.000 0.000 1.9080
RA C3' 0.2022 0.000 0.000 1.9080
RA H3' 0.0615 0.000 0.000 1.3870
RA C2' 0.0670 0.000 0.000 1.9080
RA H2'' 0.0972 0.000 0.000 1.4870
RA O2' -0.6139 0.000 0.000 1.6837
RA H2' 0.4186 0.000 0.000 1.4870
RA O3' -0.5246 0.000 0.000 1.6837
! Deoxy CYT
DC P 1.1659 0.000 0.000 2.1000
DC O1P -0.7761 0.000 0.000 1.6612
DC O2P -0.7761 0.000 0.000 1.6612
DC O5' -0.4954 0.000 0.000 1.6837
DC C5' -0.0069 0.000 0.000 1.9080
DC H5' 0.0754 0.000 0.000 1.3870
DC H5'' 0.0754 0.000 0.000 1.3870
DC C4' 0.1629 0.000 0.000 1.9080
DC H4' 0.1176 0.000 0.000 1.3870
DC O4' -0.3691 0.000 0.000 1.6837
DC C1' -0.0116 0.000 0.000 1.9080
DC H1' 0.1963 0.000 0.000 1.2870
DC N1 -0.0339 0.000 0.000 1.8240
DC C6 -0.0183 0.000 0.000 1.9080
DC H6 0.2293 0.000 0.000 1.4090
DC C2 0.7959 0.000 0.000 1.9080
DC O2 -0.6548 0.000 0.000 1.6612
DC N3 -0.7748 0.000 0.000 1.8240
DC C4 0.8439 0.000 0.000 1.9080
DC N4 -0.9773 0.000 0.000 1.8240
DC H41 0.4314 0.000 0.000 1.0000
DC H42 0.4314 0.000 0.000 1.0000
DC C5 -0.5222 0.000 0.000 1.9080
DC H5 0.1863 0.000 0.000 1.4090
DC C3' 0.0713 0.000 0.000 1.9080
DC H3' 0.0985 0.000 0.000 1.3870
DC O3' -0.5232 0.000 0.000 1.6837
DC C2' -0.0854 0.000 0.000 1.9080
DC H2' 0.0718 0.000 0.000 1.4870
DC H2'' 0.0718 0.000 0.000 1.4870
! Ribo CYT
RC P 1.1662 0.000 0.000 2.1000
RC O1P -0.7760 0.000 0.000 1.6612
RC O2P -0.7760 0.000 0.000 1.6612
RC O5' -0.4989 0.000 0.000 1.6837
RC C5' 0.0558 0.000 0.000 1.9080
RC H5' 0.0679 0.000 0.000 1.3870
RC H5'' 0.0679 0.000 0.000 1.3870
RC C4' 0.1065 0.000 0.000 1.9080
RC H4' 0.1174 0.000 0.000 1.3870
RC O4' -0.3548 0.000 0.000 1.6837
RC C1' 0.0066 0.000 0.000 1.9080
RC H1' 0.2029 0.000 0.000 1.2870
RC N1 -0.0484 0.000 0.000 1.8240
RC C6 0.0053 0.000 0.000 1.9080
RC H6 0.1958 0.000 0.000 1.4090
RC C5 -0.5215 0.000 0.000 1.9080
RC H5 0.1928 0.000 0.000 1.4090
RC C4 0.8185 0.000 0.000 1.9080
RC N4 -0.9530 0.000 0.000 1.8240
RC H41 0.4234 0.000 0.000 1.0000
RC H42 0.4234 0.000 0.000 1.0000
RC N3 -0.7584 0.000 0.000 1.8240
RC C2 0.7538 0.000 0.000 1.9080
RC O2 -0.6252 0.000 0.000 1.6612
RC C3' 0.2022 0.000 0.000 1.9080
RC H3' 0.0615 0.000 0.000 1.3870
RC C2' 0.0670 0.000 0.000 1.9080
RC H2'' 0.0972 0.000 0.000 1.4870
RC O2' -0.6139 0.000 0.000 1.6837
RC H2' 0.4186 0.000 0.000 1.4870
RC O3' -0.5246 0.000 0.000 1.6837
! Deoxy THY
DT P 1.1659 0.000 0.000 2.1000
DT O1P -0.7761 0.000 0.000 1.6612
DT O2P -0.7761 0.000 0.000 1.6612
DT O5' -0.4954 0.000 0.000 1.6837
DT C5' -0.0069 0.000 0.000 1.9080
DT H5' 0.0754 0.000 0.000 1.3870
DT H5'' 0.0754 0.000 0.000 1.3870
DT C4' 0.1629 0.000 0.000 1.9080
DT H4' 0.1176 0.000 0.000 1.3870
DT O4' -0.3691 0.000 0.000 1.6837
DT C1' 0.0680 0.000 0.000 1.9080
DT H1' 0.1804 0.000 0.000 1.2870
DT N1 -0.0239 0.000 0.000 1.8240
DT C6 -0.2209 0.000 0.000 1.9080
DT H6 0.2607 0.000 0.000 1.4090
DT C2 0.5677 0.000 0.000 1.9080
DT O2 -0.5881 0.000 0.000 1.6612
DT N3 -0.4340 0.000 0.000 1.8240
DT H3 0.3420 0.000 0.000 1.0000
DT C4 0.5194 0.000 0.000 1.9080
DT O4 -0.5563 0.000 0.000 1.6612
DT C5 0.0025 0.000 0.000 1.9080
DT C5M -0.2269 0.000 0.000 1.9080
DT H51 0.0770 0.000 0.000 1.4870
DT H52 0.0770 0.000 0.000 1.4870
DT H53 0.0770 0.000 0.000 1.4870
DT C3' 0.0713 0.000 0.000 1.9080
DT H3' 0.0985 0.000 0.000 1.3870
DT O3' -0.5232 0.000 0.000 1.6837
DT C2' -0.0854 0.000 0.000 1.9080
DT H2' 0.0718 0.000 0.000 1.4870
DT H2'' 0.0718 0.000 0.000 1.4870
!
TE5 H5T 0.0422 0.000 0.000 1.0000
TE5 O5' -0.2318 0.000 0.000 1.7210
!
TE3 O3' -0.2549 0.000 0.000 1.7210
TE3 H3T 0.0396 0.000 0.000 1.0000
!
CMP P 1.1662 0.000 0.000 2.1000
CMP O1P -0.7760 0.000 0.000 1.6612
CMP O2P -0.7760 0.000 0.000 1.6612
CMP O5' -0.4989 0.000 0.000 1.6837
CMP C5' 0.0558 0.000 0.000 1.9080
CMP H5' 0.0679 0.000 0.000 1.3870
CMP H5'' 0.0679 0.000 0.000 1.3870
CMP C4' 0.1065 0.000 0.000 1.9080
CMP H4' 0.1174 0.000 0.000 1.3870
CMP O4' -0.3548 0.000 0.000 1.6837
CMP C1' 0.0394 0.000 0.000 1.9080
CMP H1' 0.2007 0.000 0.000 1.2870
CMP C5 0.0515 0.000 0.000 1.9080
CMP N7 -0.6073 0.000 0.000 1.8240
CMP C8 0.2006 0.000 0.000 1.9080
CMP H8 0.1553 0.000 0.000 1.3590
CMP N9 -0.0251 0.000 0.000 1.8240
CMP N1 -0.7615 0.000 0.000 1.8240
CMP C2 0.5875 0.000 0.000 1.9080
CMP H2 0.0473 0.000 0.000 1.3590
CMP N3 -0.6997 0.000 0.000 1.8240
CMP C4 0.3053 0.000 0.000 1.9080
CMP C6 0.7009 0.000 0.000 1.9080
CMP N6 -0.9019 0.000 0.000 1.8240
CMP H61 0.4115 0.000 0.000 1.0000
CMP H62 0.4115 0.000 0.000 1.0000
CMP C3' 0.2022 0.000 0.000 1.9080
CMP H3' 0.0615 0.000 0.000 1.3870
CMP O3' -0.5246 0.000 0.000 1.6837
CMP C2' 0.0670 0.000 0.000 1.9080
CMP O2' -0.6139 0.000 0.000 1.6837
CMP H2' 0.4186 0.000 0.000 1.4870
CMP H2'' 0.0972 0.000 0.000 1.4870
!
ALA N -0.4157 0.000 0.000 1.824
ALA HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
ALA CA 0.0337 0.000 0.000 1.908
ALA HA 0.0823 0.000 0.000 1.387
ALA CB -0.1825 0.000 0.000 1.908
ALA HB1 0.0603 0.000 0.000 1.487
ALA HB2 0.0603 0.000 0.000 1.487
ALA HB3 0.0603 0.000 0.000 1.487
ALA C 0.5973 0.000 0.000 1.908
ALA O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
ARG N -0.3479 0.000 0.000 1.824
ARG HN 0.2747 0.000 0.000 1.00
ARG CA -0.2637 0.000 0.000 1.908
ARG HA 0.1560 0.000 0.000 1.387
ARG CB -0.0007 0.000 0.000 1.908
ARG HB1 0.0327 0.000 0.000 1.487
ARG HB2 0.0327 0.000 0.000 1.487
ARG CG 0.0390 0.000 0.000 1.908
ARG HG1 0.0285 0.000 0.000 1.487
ARG HG2 0.0285 0.000 0.000 1.487
ARG CD 0.0486 0.000 0.000 1.908
ARG HD1 0.0687 0.000 0.000 1.387
ARG HD2 0.0687 0.000 0.000 1.387
ARG NE -0.5295 0.000 0.000 1.824
ARG HE 0.3456 0.000 0.000 1.00
ARG CZ 0.8076 0.000 0.000 1.908
ARG NH1 -0.8627 0.000 0.000 1.824
ARG HH11 0.4478 0.000 0.000 1.00
ARG HH12 0.4478 0.000 0.000 1.00
ARG NH2 -0.8627 0.000 0.000 1.824
ARG HH21 0.4478 0.000 0.000 1.00
ARG HH22 0.4478 0.000 0.000 1.00
ARG C 0.7341 0.000 0.000 1.908
ARG O -0.5894 0.000 0.000 1.6612
!
ASN N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
ASN HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
ASN CA 0.0143 0.000 0.000 1.908
ASN HA 0.1048 0.000 0.000 1.387
ASN CB -0.2041 0.000 0.000 1.908
ASN HB1 0.0797 0.000 0.000 1.487
ASN HB2 0.0797 0.000 0.000 1.487
ASN CG 0.7130 0.000 0.000 1.908
ASN OD1 -0.5931 0.000 0.000 1.6612
ASN ND2 -0.9191 0.000 0.000 1.824
ASN HD21 0.4196 0.000 0.000 1.00
ASN HD22 0.4196 0.000 0.000 1.00
ASN C 0.5973 0.000 0.000 1.908
ASN O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
ASP N -0.5163 0.000 0.000 1.8240
ASP HN 0.2936 0.000 0.000 1.00
ASP CA 0.0381 0.000 0.000 1.908
ASP HA 0.0880 0.000 0.000 1.387
ASP CB -0.0303 0.000 0.000 1.908
ASP HB1 -0.0122 0.000 0.000 1.487
ASP HB2 -0.0122 0.000 0.000 1.487
ASP CG 0.7994 0.000 0.000 1.908
ASP OD1 -0.8014 0.000 0.000 1.6612
ASP OD2 -0.8014 0.000 0.000 1.6612
ASP C 0.5366 0.000 0.000 1.908
ASP O -0.5819 0.000 0.000 1.6612
!
CYS N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
CYS HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
CYS CA 0.0213 0.000 0.000 1.908
CYS HA 0.1124 0.000 0.000 1.387
CYS CB -0.1231 0.000 0.000 1.908
CYS HB1 0.1112 0.000 0.000 1.387
CYS HB2 0.1112 0.000 0.000 1.387
CYS SG -0.3119 0.000 0.000 2.0000
CYS HG1 0.1933 0.000 0.000 1.00
CYS C 0.5973 0.000 0.000 1.908
CYS O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
CYX N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
CYX HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
CYX CA 0.0213 0.000 0.000 1.908
CYX HA 0.1124 0.000 0.000 1.387
CYX CB -0.1231 0.000 0.000 1.908
CYX HB1 0.1112 0.000 0.000 1.387
CYX HB2 0.1112 0.000 0.000 1.387
CYX SG -0.1186 0.000 0.000 2.0000
CYX C 0.5973 0.000 0.000 1.908
CYX O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
GLN N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
GLN HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
GLN CA -0.0031 0.000 0.000 1.908
GLN HA 0.0850 0.000 0.000 1.387
GLN CB -0.0036 0.000 0.000 1.908
GLN HB1 0.0171 0.000 0.000 1.487
GLN HB2 0.0171 0.000 0.000 1.487
GLN CG -0.0645 0.000 0.000 1.908
GLN HG1 0.0352 0.000 0.000 1.487
GLN HG2 0.0352 0.000 0.000 1.487
GLN CD 0.6951 0.000 0.000 1.908
GLN OE1 -0.6086 0.000 0.000 1.6612
GLN NE2 -0.9407 0.000 0.000 1.824
GLN HE21 0.4251 0.000 0.000 1.00
GLN HE22 0.4251 0.000 0.000 1.00
GLN C 0.5973 0.000 0.000 1.908
GLN O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
GLU N -0.5163 0.000 0.000 1.8240
GLU HN 0.2936 0.000 0.000 1.00
GLU CA 0.0397 0.000 0.000 1.908
GLU HA 0.1105 0.000 0.000 1.387
GLU CB 0.0560 0.000 0.000 1.908
GLU HB1 -0.0173 0.000 0.000 1.487
GLU HB2 -0.0173 0.000 0.000 1.487
GLU CG 0.0136 0.000 0.000 1.908
GLU HG1 -0.0425 0.000 0.000 1.487
GLU HG2 -0.0425 0.000 0.000 1.487
GLU CD 0.8054 0.000 0.000 1.908
GLU OE1 -0.8188 0.000 0.000 1.6612
GLU OE2 -0.8188 0.000 0.000 1.6612
GLU C 0.5366 0.000 0.000 1.908
GLU O -0.5819 0.000 0.000 1.6612
!
GLY N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
GLY HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
GLY CA -0.0252 0.000 0.000 1.908
GLY HA1 0.0698 0.000 0.000 1.387
GLY HA2 0.0698 0.000 0.000 1.387
GLY C 0.5973 0.000 0.000 1.908
GLY O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
HSD N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
HSD HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
HSD CA 0.0188 0.000 0.000 1.908
HSD HA 0.0881 0.000 0.000 1.387
HSD ND1 -0.3811 0.000 0.000 1.824
HSD HD1 0.3649 0.000 0.000 1.00
HSD CG -0.0266 0.000 0.000 1.908
HSD CB -0.0462 0.000 0.000 1.908
HSD HB1 0.0402 0.000 0.000 1.487
HSD HB2 0.0402 0.000 0.000 1.487
HSD NE2 -0.5727 0.000 0.000 1.824
HSD CD2 0.1292 0.000 0.000 1.908
HSD HD2 0.1147 0.000 0.000 1.409
HSD CE1 0.2057 0.000 0.000 1.908
HSD HE1 0.1392 0.000 0.000 1.359
HSD C 0.5973 0.000 0.000 1.908
HSD O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
HSE N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
HSE HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
HSE CA -0.0581 0.000 0.000 1.908
HSE HA 0.1360 0.000 0.000 1.387
HSE NE2 -0.2795 0.000 0.000 1.824
HSE HE2 0.3339 0.000 0.000 1.00
HSE CD2 -0.2207 0.000 0.000 1.908
HSE HD2 0.1862 0.000 0.000 1.409
HSE ND1 -0.5432 0.000 0.000 1.824
HSE CG 0.1868 0.000 0.000 1.908
HSE CE1 0.1635 0.000 0.000 1.908
HSE HE1 0.1435 0.000 0.000 1.359
HSE CB -0.0074 0.000 0.000 1.908
HSE HB1 0.0367 0.000 0.000 1.487
HSE HB2 0.0367 0.000 0.000 1.487
HSE C 0.5973 0.000 0.000 1.908
HSE O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
HSP N -0.3479 0.000 0.000 1.8240
HSP HN 0.2747 0.000 0.000 1.00
HSP CA -0.1354 0.000 0.000 1.908
HSP HA 0.1212 0.000 0.000 1.387
HSP ND1 -0.1513 0.000 0.000 1.824
HSP HD1 0.3866 0.000 0.000 1.00
HSP NE2 -0.1718 0.000 0.000 1.824
HSP HE2 0.3911 0.000 0.000 1.00
HSP CE1 -0.0170 0.000 0.000 1.908
HSP HE1 0.2681 0.000 0.000 1.359
HSP CD2 -0.1141 0.000 0.000 1.908
HSP HD2 0.2317 0.000 0.000 1.409
HSP CG -0.0012 0.000 0.000 1.908
HSP CB -0.0414 0.000 0.000 1.908
HSP HB1 0.0810 0.000 0.000 1.487
HSP HB2 0.0810 0.000 0.000 1.487
HSP C 0.7341 0.000 0.000 1.908
HSP O -0.5894 0.000 0.000 1.6612
!
ILE N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
ILE HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
ILE CA -0.0597 0.000 0.000 1.908
ILE HA 0.0869 0.000 0.000 1.387
ILE CB 0.1303 0.000 0.000 1.908
ILE HB 0.0187 0.000 0.000 1.487
ILE CG2 -0.3204 0.000 0.000 1.908
ILE HG21 0.0882 0.000 0.000 1.487
ILE HG22 0.0882 0.000 0.000 1.487
ILE HG23 0.0882 0.000 0.000 1.487
ILE CG1 -0.0430 0.000 0.000 1.908
ILE HG11 0.0236 0.000 0.000 1.487
ILE HG12 0.0236 0.000 0.000 1.487
ILE CD -0.0660 0.000 0.000 1.908
ILE HD1 0.0186 0.000 0.000 1.487
ILE HD2 0.0186 0.000 0.000 1.487
ILE HD3 0.0186 0.000 0.000 1.487
ILE C 0.5973 0.000 0.000 1.908
ILE O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
LEU N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
LEU HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
LEU CA -0.0518 0.000 0.000 1.908
LEU HA 0.0922 0.000 0.000 1.387
LEU CB -0.1102 0.000 0.000 1.908
LEU HB1 0.0457 0.000 0.000 1.487
LEU HB2 0.0457 0.000 0.000 1.487
LEU CG 0.3531 0.000 0.000 1.908
LEU HG -0.0361 0.000 0.000 1.487
LEU CD1 -0.4121 0.000 0.000 1.908
LEU HD11 0.1000 0.000 0.000 1.487
LEU HD12 0.1000 0.000 0.000 1.487
LEU HD13 0.1000 0.000 0.000 1.487
LEU CD2 -0.4121 0.000 0.000 1.908
LEU HD21 0.1000 0.000 0.000 1.487
LEU HD22 0.1000 0.000 0.000 1.487
LEU HD23 0.1000 0.000 0.000 1.487
LEU C 0.5973 0.000 0.000 1.908
LEU O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
LYS N -0.3479 0.000 0.000 1.8240
LYS HN 0.2747 0.000 0.000 1.00
LYS CA -0.2400 0.000 0.000 1.908
LYS HA 0.1426 0.000 0.000 1.387
LYS CB -0.0094 0.000 0.000 1.908
LYS HB1 0.0362 0.000 0.000 1.487
LYS HB2 0.0362 0.000 0.000 1.487
LYS CG 0.0187 0.000 0.000 1.908
LYS HG1 0.0103 0.000 0.000 1.487
LYS HG2 0.0103 0.000 0.000 1.487
LYS CD -0.0479 0.000 0.000 1.908
LYS HD1 0.0621 0.000 0.000 1.487
LYS HD2 0.0621 0.000 0.000 1.487
LYS CE -0.0143 0.000 0.000 1.908
LYS HE1 0.1135 0.000 0.000 1.100
LYS HE2 0.1135 0.000 0.000 1.100
LYS NZ -0.3854 0.000 0.000 1.824
LYS HZ1 0.3400 0.000 0.000 1.00
LYS HZ2 0.3400 0.000 0.000 1.00
LYS HZ3 0.3400 0.000 0.000 1.00
LYS C 0.7341 0.000 0.000 1.908
LYS O -0.5894 0.000 0.000 1.6612
!
MET N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
MET HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
MET CA -0.0237 0.000 0.000 1.908
MET HA 0.0880 0.000 0.000 1.387
MET CB 0.0342 0.000 0.000 1.908
MET HB1 0.0241 0.000 0.000 1.487
MET HB2 0.0241 0.000 0.000 1.487
MET CG 0.0018 0.000 0.000 1.908
MET HG1 0.0440 0.000 0.000 1.387
MET HG2 0.0440 0.000 0.000 1.387
MET SD -0.2737 0.000 0.000 2.000
MET CE -0.0536 0.000 0.000 1.908
MET HE1 0.0684 0.000 0.000 1.387
MET HE2 0.0684 0.000 0.000 1.387
MET HE3 0.0684 0.000 0.000 1.387
MET C 0.5973 0.000 0.000 1.908
MET O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
METC N -0.3821 0.000 0.000 1.8240
METC HN 0.2681 0.000 0.000 1.00
METC CA -0.2597 0.000 0.000 1.908
METC HA 0.1277 0.000 0.000 1.387
METC CB -0.0236 0.000 0.000 1.908
METC HB1 0.0480 0.000 0.000 1.487
METC HB2 0.0480 0.000 0.000 1.487
METC CG 0.0492 0.000 0.000 1.908
METC HG1 0.0317 0.000 0.000 1.387
METC HG2 0.0317 0.000 0.000 1.387
METC SD -0.2692 0.000 0.000 2.000
METC CE -0.0376 0.000 0.000 1.908
METC HE1 0.0625 0.000 0.000 1.387
METC HE2 0.0625 0.000 0.000 1.387
METC HE3 0.0625 0.000 0.000 1.387
METC C 0.8013 0.000 0.000 1.908
METC OT1 -0.8105 0.000 0.000 1.6612
METC OT2 -0.8105 0.000 0.000 1.6612
!
PHE N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
PHE HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
PHE CA -0.0024 0.000 0.000 1.908
PHE HA 0.0978 0.000 0.000 1.387
PHE CB -0.0343 0.000 0.000 1.908
PHE HB1 0.0295 0.000 0.000 1.487
PHE HB2 0.0295 0.000 0.000 1.487
PHE CG 0.0118 0.000 0.000 1.908
PHE CD1 -0.1256 0.000 0.000 1.908
PHE HD1 0.1330 0.000 0.000 1.459
PHE CD2 -0.1256 0.000 0.000 1.908
PHE HD2 0.1330 0.000 0.000 1.459
PHE CE1 -0.1704 0.000 0.000 1.908
PHE HE1 0.1430 0.000 0.000 1.459
PHE CE2 -0.1704 0.000 0.000 1.908
PHE HE2 0.1430 0.000 0.000 1.459
PHE CZ -0.1072 0.000 0.000 1.908
PHE HZ 0.1297 0.000 0.000 1.459
PHE C 0.5973 0.000 0.000 1.908
PHE O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
PRO N -0.2548 0.000 0.000 1.824
PRO CA -0.0266 0.000 0.000 1.908
PRO HA 0.0641 0.000 0.000 1.387
PRO CD 0.0192 0.000 0.000 1.908
PRO HD1 0.0391 0.000 0.000 1.387
PRO HD2 0.0391 0.000 0.000 1.387
PRO CB -0.0070 0.000 0.000 1.908
PRO HB1 0.0253 0.000 0.000 1.487
PRO HB2 0.0253 0.000 0.000 1.487
PRO CG 0.0189 0.000 0.000 1.908
PRO HG1 0.0213 0.000 0.000 1.487
PRO HG2 0.0213 0.000 0.000 1.487
PRO C 0.5896 0.000 0.000 1.908
PRO O -0.5748 0.000 0.000 1.6612
!
PRON N -0.2020 0.000 0.000 1.824
PRON HN1 0.3120 0.000 0.000 1.00
PRON HN2 0.3120 0.000 0.000 1.00
PRON CA 0.1000 0.000 0.000 1.908
PRON HA 0.1000 0.000 0.000 1.387
PRON CD -0.0120 0.000 0.000 1.908
PRON HD1 0.1000 0.000 0.000 1.387
PRON HD2 0.1000 0.000 0.000 1.387
PRON CB -0.1150 0.000 0.000 1.908
PRON HB1 0.1000 0.000 0.000 1.487
PRON HB2 0.1000 0.000 0.000 1.487
PRON CG -0.1210 0.000 0.000 1.908
PRON HG1 0.1000 0.000 0.000 1.487
PRON HG2 0.1000 0.000 0.000 1.487
PRON C 0.5260 0.000 0.000 1.908
PRON O -0.5000 0.000 0.000 1.6612
!
SER N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
SER HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
SER CA -0.0249 0.000 0.000 1.908
SER HA 0.0843 0.000 0.000 1.387
SER CB 0.2117 0.000 0.000 1.908
SER HB1 0.0352 0.000 0.000 1.387
SER HB2 0.0352 0.000 0.000 1.387
SER OG -0.6546 0.000 0.000 1.721
SER HG1 0.4275 0.000 0.000 1.00
SER C 0.5973 0.000 0.000 1.908
SER O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
SERN N 0.1849 0.000 0.000 1.824
SERN HT1 0.1898 0.000 0.000 1.00
SERN HT2 0.1898 0.000 0.000 1.00
SERN HT3 0.1898 0.000 0.000 1.00
SERN CA 0.0567 0.000 0.000 1.908
SERN HA 0.0782 0.000 0.000 1.387
SERN CB 0.2596 0.000 0.000 1.908
SERN HB1 0.0273 0.000 0.000 1.387
SERN HB2 0.0273 0.000 0.000 1.387
SERN OG -0.6714 0.000 0.000 1.721
SERN HG1 0.4239 0.000 0.000 1.00
SERN C 0.6163 0.000 0.000 1.908
SERN O -0.5722 0.000 0.000 1.6612
!
THR N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
THR HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
THR CA -0.0389 0.000 0.000 1.908
THR HA 0.1007 0.000 0.000 1.387
THR CB 0.3654 0.000 0.000 1.908
THR HB 0.0043 0.000 0.000 1.387
THR OG1 -0.6761 0.000 0.000 1.721
THR HG1 0.4102 0.000 0.000 1.00
THR CG2 -0.2438 0.000 0.000 1.908
THR HG21 0.0642 0.000 0.000 1.487
THR HG22 0.0642 0.000 0.000 1.487
THR HG23 0.0642 0.000 0.000 1.487
THR C 0.5973 0.000 0.000 1.908
THR O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
TRP N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
TRP HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
TRP CA -0.0275 0.000 0.000 1.908
TRP HA 0.1123 0.000 0.000 1.387
TRP CB -0.0050 0.000 0.000 1.908
TRP HB1 0.0339 0.000 0.000 1.487
TRP HB2 0.0339 0.000 0.000 1.487
TRP CG -0.1415 0.000 0.000 1.9080
TRP CD2 0.1243 0.000 0.000 1.9080
TRP CD1 -0.1638 0.000 0.000 1.9080
TRP HD1 0.2062 0.000 0.000 1.409
TRP NE1 -0.3418 0.000 0.000 1.824
TRP HE1 0.3412 0.000 0.000 1.00
TRP CE2 0.1380 0.000 0.000 1.9080
TRP CE3 -0.2387 0.000 0.000 1.9080
TRP HE3 0.1700 0.000 0.000 1.459
TRP CZ2 -0.2601 0.000 0.000 1.9080
TRP HZ2 0.1572 0.000 0.000 1.459
TRP CZ3 -0.1972 0.000 0.000 1.9080
TRP HZ3 0.1447 0.000 0.000 1.459
TRP CH2 -0.1134 0.000 0.000 1.9080
TRP HH2 0.1417 0.000 0.000 1.459
TRP C 0.5973 0.000 0.000 1.908
TRP O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
TYR N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
TYR HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
TYR CA -0.0014 0.000 0.000 1.908
TYR HA 0.0876 0.000 0.000 1.387
TYR CB -0.0152 0.000 0.000 1.908
TYR HB1 0.0295 0.000 0.000 1.487
TYR HB2 0.0295 0.000 0.000 1.487
TYR CG -0.0011 0.000 0.000 1.9080
TYR CD1 -0.1906 0.000 0.000 1.9080
TYR HD1 0.1699 0.000 0.000 1.459
TYR CD2 -0.1906 0.000 0.000 1.9080
TYR HD2 0.1699 0.000 0.000 1.459
TYR CE1 -0.2341 0.000 0.000 1.9080
TYR HE1 0.1656 0.000 0.000 1.459
TYR CE2 -0.2341 0.000 0.000 1.9080
TYR HE2 0.1656 0.000 0.000 1.459
TYR CZ 0.3226 0.000 0.000 1.9080
TYR OH -0.5579 0.000 0.000 1.721
TYR HH 0.3992 0.000 0.000 1.00
TYR C 0.5973 0.000 0.000 1.908
TYR O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
VAL N -0.4157 0.000 0.000 1.8240
VAL HN 0.2719 0.000 0.000 1.00
VAL CA -0.0875 0.000 0.000 1.908
VAL HA 0.0969 0.000 0.000 1.387
VAL CB 0.2985 0.000 0.000 1.908
VAL HB -0.0297 0.000 0.000 1.487
VAL CG1 -0.3192 0.000 0.000 1.908
VAL HG11 0.0791 0.000 0.000 1.487
VAL HG12 0.0791 0.000 0.000 1.487
VAL HG13 0.0791 0.000 0.000 1.487
VAL CG2 -0.3192 0.000 0.000 1.908
VAL HG21 0.0791 0.000 0.000 1.487
VAL HG22 0.0791 0.000 0.000 1.487
VAL HG23 0.0791 0.000 0.000 1.487
VAL C 0.5973 0.000 0.000 1.908
VAL O -0.5679 0.000 0.000 1.6612
!
VALC N -0.3821 0.000 0.000 1.8240
VALC HN 0.2681 0.000 0.000 1.00
VALC CA -0.3438 0.000 0.000 1.908
VALC HA 0.1438 0.000 0.000 1.387
VALC CB 0.1940 0.000 0.000 1.908
VALC HB 0.0308 0.000 0.000 1.487
VALC CG1 -0.3064 0.000 0.000 1.908
VALC HG11 0.0836 0.000 0.000 1.487
VALC HG12 0.0836 0.000 0.000 1.487
VALC HG13 0.0836 0.000 0.000 1.487
VALC CG2 -0.3064 0.000 0.000 1.908
VALC HG21 0.0836 0.000 0.000 1.487
VALC HG22 0.0836 0.000 0.000 1.487
VALC HG23 0.0836 0.000 0.000 1.487
VALC C 0.8350 0.000 0.000 1.908
VALC OT1 -0.8173 0.000 0.000 1.6612
VALC OT2 -0.8173 0.000 0.000 1.6612
!
CTE C 0.8350 0.000 0.000 1.908
CTE OT1 -0.8173 0.000 0.000 1.6612
CTE OT2 -0.8173 0.000 0.000 1.6612
!
NTE N 0.1849 0.000 0.000 1.824
NTE HT1 0.1898 0.000 0.000 1.00
NTE HT2 0.1898 0.000 0.000 1.00
NTE HT3 0.1898 0.000 0.000 1.00
! Potassium (AMBER)
K K 1.0000 0.000 0.000 2.6580
! Cadmium (Pauling radius)
CD CD 2.0000 0.000 0.000 2.9700
! Magnesium (MSI AMBER parameters)
MG MG 2.0000 0.0000 0.0000 2.3400
! Magnesium with 3 waters (a guess, fully hydrated ionic radius ~8.00)
MG M03 2.0000 0.0000 0.0000 6.5000
Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment