Замена ссылок на файлы содержимым файла

CopySources.java

import java.io.File;
import java.io.FileInputStream;
import java.io.FileOutputStream;
import java.io.IOException;
import java.nio.channels.FileChannel;
import java.util.Scanner;

/**
 * Преобразование исходников
 */
public class CopySources {

    public static void main(String[] args) throws IOException {
        // Открываем заданных каталог
        File baseDir = new File("C:\\wince\\cbposlib\\openssl");
        for (File f : baseDir.listFiles()) {
            Scanner scanner = new Scanner(f);
            String line = scanner.nextLine();
            if (line.startsWith("../../")) {
                File fileFrom = new File("C:\\OpenSSL\\util\\pl\\" + line);
                System.out.println(f.getAbsolutePath() + " " + fileFrom.exists());
                copyFile(fileFrom, f);
            }
        }
    }

    /**
     * Копирование файла
     *
     * @param sourceFile откуда копируем
     * @param destFile   куда копируем
     * @throws IOException
     */
    public static void copyFile(File sourceFile, File destFile) throws IOException {
        if (!destFile.exists()) {
            destFile.createNewFile();
        }

        FileChannel source = null;
        FileChannel destination = null;

        try {
            source = new FileInputStream(sourceFile).getChannel();
            destination = new FileOutputStream(destFile).getChannel();
            destination.transferFrom(source, 0, source.size());
        } finally {
            if (source != null) {
                source.close();
            }
            if (destination != null) {
                destination.close();
            }
        }
    }
}