Installation of rstan for big machines

rstan_installation.txt

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# From within R
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# Initialisation of makefiles
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dotR <- file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R")
if (!file.exists(dotR)) dir.create(dotR)
M <- file.path(dotR, "Makevars")
if (!file.exists(M)) file.create(M)
cat("\nCXX14FLAGS=-O3 -march=native -mtune=native",
    "CXX14FLAGS += -fPIC", 
    file = M, sep = "\n", append = TRUE)

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# Load at startup updates modules on compiler
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N <- file.path(Sys.getenv("HOME"), ".bashrc")
cat(
"module load gcc", 
"module load openmpi", 
file = N, sep = "\n", append = TRUE
)

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# Load the file that load's the compiler. Nice eh!
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Q <- file.path(Sys.getenv("HOME"), ".bash_profile")
if (!file.exists(Q)) file.create(Q)
cat(
"\n# Get the aliases and functions",
"if [ -f ~/.bashrc ]; then",
"        . ~/.bashrc",
"fi",
file = Q, sep = "\n", append = TRUE
)

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# Clean the environment
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remove.packages("rstan")
if (file.exists(".RData")) file.remove(".RData")

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# Install rstan
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install.packages("rstan", type = "source")

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# You need to do this for some machines
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install.packages("Rcpp")

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# Test. Are you believer?
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y <- as.matrix(read.table('https://raw.github.com/wiki/stan-dev/rstan/rats.txt', header = TRUE))
x <- c(8, 15, 22, 29, 36)
xbar <- mean(x)
N <- nrow(y)
T <- ncol(y)
rats_fit <- stan('https://raw.githubusercontent.com/stan-dev/example-models/master/bugs_examples/vol1/rats/rats.stan')