Browserifyの共通モジュール部分だけ分離したいならfactor-bundleが便利 ref: http://qiita.com/inuscript/items/b933af4d44a4712cb8f8

file0.txt

browserify x.js y.js -p [ factor-bundle -o bundle/x.js -o bundle/y.js ] \
  -o bundle/common.js

file1.sh

$ npm i -D gulp browserify babelify factor-bundle vinyl-source-stream
$ npm i -D mkdirp glob del

file2.txt

.
├── output
│   ├── client
│   └── entry
├── src
│   ├── entry
│   └── lib
└── vendor

file4.html

<script type="text/javascript" src="./output/client/common.js"></script>
<script type="text/javascript" src="./output/entry/foo.js"></script>

gulpfile.js

var gulp = require('gulp')
var path = require("path")
var browserify = require('browserify')
var babelify = require('babelify')
var source = require('vinyl-source-stream')
var glob = require("glob")
var del = require("del")
var mkdirp = require("mkdirp")
var factor = require('factor-bundle')

var dest = './output/'

gulp.task('clean', function() {
  del(dest)
})

gulp.task('browserify', function() {
  // entry対象が結構あるような状態を想定
  var entries = "./src/entry/**/*"

  // 出力先をこのあたりに・・・
  var outputDir = "./output/entry"

  // factor-bundleの出力先を決める。
  // ちゃんとディレクトリ出力先を変更しておかないと元ファイル書き換えられちゃうので注意！
  var files = glob.sync(entries, {nodir: true})
  var outputs = files.map(function(file){
    return file.replace("./src/entry", outputDir)
  })

  // factor-bundleの出力先のディレクトリが無かったりすると面倒見てくれないので作っとく。
  mkdirp.sync(outputDir)

  // browserify部分開始
  browserify({
    entries: files,
    extensions: ['js', 'jsx'],
  })
  // transformしたいならこんな具合。最近鉄板なのでbabelっとく。
  // babelのtransformに際して、何らかの理由でnpm入りしないなーみたいなのがあれば対象外にしておく。
  // ignoreオプションではなくonlyオプションを使うのもよい
  .transform(babelify.configure({
    ignore: /vendor/
  }))
  // factor-bundleの登場。先ほど用意したoutputを追加
  .plugin(factor, {
    output: outputs
  })
  // 共通部分を出力してやる。
  .bundle()
  .pipe(source("common.js")) 
  .pipe(gulp.dest(path.join(dest, "client")))
})

gulp.task('watch', function() {
  gulp.watch('src/**/*', ['browserify'])
})

gulp.task('default', ['browserify', 'watch'])