ItemStackを使用したレシピを作ります。

CustomRecipe.java

https://github.com/syuchan1005/ItemStackRecipe

SamplePlugin.java

import org.bukkit.plugin.java.JavaPlugin;

public class SamplePlugin extends JavaPlugin {

	@Override
	public void onEnable() {
	  CustomRecipe.init(this);
			CustomRecipe.addRecipe(new CustomRecipe.Shaped(new ItemStack(Material.STONE), new String[]{ "SSS", "SSS", "SSS" }
					, new CustomRecipe.ShapedMaterial(new ItemStack(Material.COBBLESTONE), 'S'))); // 丸石9個で焼石1個にする
	}
}