Legende_filtern.py

from qgis.core import *
from qgis.gui import *

@qgsfunction(args='auto', group='Custom')
def eindeutige_legende1( layername, feature, parent,context):

    try:
        project = QgsProject.instance() 
        ausgabe=None
        legendenlayer = QgsExpressionContextUtils.projectScope(project).variable('eindeutig')
        if legendenlayer is None:
            legendenlayer=[]
        if layername in legendenlayer:
            print('false')
            ausgabe=False
        else:
            ausgabe=True
            print('true')  
            legendenlayer.append(layername)
            QgsExpressionContextUtils.setProjectVariable(project,'eindeutig',legendenlayer)
    except Exception as e:
        exc_type, exc_obj, exc_tb = sys.exc_info()
        fname = os.path.split(exc_tb.tb_frame.f_code.co_filename)[1]
        print(exc_type, fname, exc_tb.tb_lineno)
    return (ausgabe)

Beim Atlas-Druck muss man noch die Projektvariable nach jeder Seite leeren.
Das geht wiederum über eine benutzerdefinierte Funktion, die man im Reiter "Atlas" z.B. bei "Seitenname" oder "Ausgabedateiausdruck" übergibt...

alles recht umständlich aber es geht. Beispielhaft umgesetzt am Layer Schnittgrenze: