БИТРИКС: Очистка файлов в папке upload - Выборка используемых файлов В элементах выбранных инфоблоках а также в выбранных свойствах этих элементов.

.php

<?php require( $_SERVER[ "DOCUMENT_ROOT" ] . "/bitrix/modules/main/include/prolog_before.php" );

use Bitrix\Main\Loader;

/**
 * Вернет массив файлов в директории, для любой вложенности
 *
 * @param $dir
 * @param array $results
 * @return array
 */
function getDirContents($dir, &$results = array()) {
    $files = scandir($dir);
    foreach($files as $key => $value){
        $path = realpath($dir.DIRECTORY_SEPARATOR.$value);
        if(!is_dir($path)) {
            $results[] = $path;
        } else if($value != "." && $value != "..") {
            getDirContents($path, $results);

            if (is_file($path))
                $results[] = $path;
        }
    }
    return $results;
}


$uploadFolder = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/upload'; // Указываем путь к папке upload
$excludeFromDelete = [ // массив файлов и директорий внутри upload, которые мы исключаем из спика удаляемых
    '.htaccess',
    'currencyRates.json',
    'uf',
];

$dirToRemoveFiles = array_filter( scandir($uploadFolder), function ($el) use ($excludeFromDelete) {
    if (!in_array($el, $excludeFromDelete) && ( $el !== '.' ) && ( $el !== '..' ))
        return true;
    else
        return false;
} );

$allFilesInUploadFolder = []; // массив всех ссылок на файлы (в папке upload)

foreach ($dirToRemoveFiles as $dir) { // Заполняем массив файлов внутри upload, за исключением $excludeFromDelete
    $fullDir = $uploadFolder . '/' . $dir;

    if (is_dir($fullDir))
        getDirContents($fullDir, $allFilesInUploadFolder);
}

$needIblockIds = [ // Массив с идентификаторми инфоблоков, в данном случае используются константы
    SERVICES_IBLOCK_ID,
    NEWS_IBLOCK_ID,
    PRESS_IBLOCK_ID,
    REALTY_OBJECTS_IBLOCK_ID,
    NEW_BUILDINGS_IBLOCK_ID,
];

$properties = [ // массив свойств элементов инфоблока типа файл, ссылки на которые необходимо сохранить
    "LAZY_LOAD" => [
        'multiple' => false // если свойство множественное ставим true
    ],
    "SERVICE_ICON" => [
        'multiple' => false
    ],
    "photos" => [
        'multiple' => true
    ],
    "plans" => [
        'multiple' => true
    ],
];

$usedFilesPathes = []; // массив используемых в проекте ссылок на файлы (в папке upload)


if (!Loader::includeModule('iblock'))
    return;

$cibElemsRes = CIBlockElement::GetList( // элементы всех инфоблоков которые нам нужны
    [ "SORT"=>"ASC" ],
    [
        "IBLOCK_ID" => $needIblockIds,
        "ACTIVE" => 'Y'
    ]
);

while ($elem = $cibElemsRes->GetNextElement()) {

    if($elem->fields['PREVIEW_PICTURE']) // Добавляем в массив картинку превью и детальную для все элементов если существует
        $usedFilesPathes[] = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . CFile::GetPath($elem->fields['PREVIEW_PICTURE']);

    if($elem->fields['DETAIL_PICTURE'])
        $usedFilesPathes[] = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . CFile::GetPath($elem->fields['DETAIL_PICTURE']);

    $props = $elem->GetProperties();

    if (!$props)
        continue;

    foreach ($props as $propName => $propArr) { // если свойства не пустые , то проходимся по ним и закидываем в массив необходимые ссылки на файлы
          if (!$properties[$propName])
              continue;

          if (!$properties[$propName]['multiple']) { // если не множественное
              if ($propArr['VALUE']) {
                  $usedFilesPathes[] = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . CFile::GetPath($propArr['VALUE']);
              }
          } else {
              foreach ($propArr['VALUE'] as $id) { // если множественное
                  $usedFilesPathes[] = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . CFile::GetPath($id);
              }
          }
    }
}

$matches = 0;

foreach ($allFilesInUploadFolder as $_FILE) { // Проходим по массиву со всеми файлами и удаляем неиспользуемые

    if (in_array($_FILE, $usedFilesPathes))
        $matches++;
    else
        unlink($_FILE);
}

Создаем директорию в корне сайта, а в ней файл index.php, туда вставляем содержимое, обращаемся в браузере http://your-site.com/<директория>/
Когда скрипт отработает, удалятся все неиспользуемые файлы. Необходимо правильно указать все свойства инфоблоков с типом файл и указать их символьные коды в массиве $properties, а также указать все необходимые ID инфоблоков в массиве $needIblockIds