sample code to store too big data in datastore.

datastore.java

	/**
	 * 一人分のTwitterUserData2を保存。既に保存されていた場合は重複して保存してしまう<br>
	 * 既存のデータをこのメソッド呼出より前に削除する必要あり<br>
	 * 削除せずに更新したほうが効率がよい
	 * @param data フォロー、フォロワー、データ作成日等を含むオブジェクト
	 * @param updateCount 更新回数。レガシーな理由によりこういう形になった
	 * @return 保存が成功したかどうか
	 */
	public static boolean storeTwitterUserData2(TwitterUserData2 data, int updateCount){
		if(data == null || data.getFollowingUsers() == null || data.getFollowersUsers() == null || data.getCreatedDate() == null){
			log.warning(data.getName() + ", fail to store because of invalid data.");
			return false;
		}

		boolean isStored = true;
		long start = 0, end = 0;
		start = System.currentTimeMillis();
		ArrayList<TwitterUserData2> dataToStore = new ArrayList<TwitterUserData2>();

		Date createdDate = data.getCreatedDate();
		Date updatedDate = null;
		if(data.getUpdatedDate() != null)
			updatedDate = data.getUpdatedDate();
		ArrayList<ArrayList<String>> followingList = TwitterUtil.separateUsers(data.getFollowingUsers(), 1500);
		ArrayList<ArrayList<String>> followersList = TwitterUtil.separateUsers(data.getFollowersUsers(), 1500);

		// ループの中にあると効率悪いから外にだしました 2011/03/08
		int loopLimit = Math.min(followingList.size(), followersList.size());

		for(int i = 0; i < loopLimit; i++){
			TwitterUserData2 d = new TwitterUserData2(data.getName(), followingList.get(i), followersList.get(i), createdDate);
			if(i == 0){
				d.setRemovingUsers(data.getRemovingUsers());
				d.setRemovedUsers(data.getRemovedUsers());
				d.setNameToIdMap(data.getNameToIdMap());
			}
			if(updatedDate != null)
				d.setUpdatedDate(updatedDate);
			dataToStore.add(d);
		}

		if(followingList.size() >= followersList.size()){
			for(int i = followersList.size(); i < followingList.size(); i++){
				TwitterUserData2 d = new TwitterUserData2(data.getName(), followingList.get(i), null, createdDate);
				if(updatedDate != null)
					d.setUpdatedDate(updatedDate);
				dataToStore.add(d);
			}
		}
		else{
			for(int i = followingList.size(); i < followersList.size(); i++){
				TwitterUserData2 d = new TwitterUserData2(data.getName(), null, followersList.get(i), createdDate);
				if(updatedDate != null)
					d.setUpdatedDate(updatedDate);
				dataToStore.add(d);
			}
		}
		isStored = store2(dataToStore, updateCount);
		end = System.currentTimeMillis();

		if(isStored)
			log.info(data.getName() + ", successfully stored., time: " + (double)(end - start)/1000 + "seconds");
		else
			log.warning(data.getName() + ", fail to store., time: " + (double)(end - start)/1000 + "seconds");

		return isStored;
	}

	/**
	 * このトランザクションはデータの不整合を起こす可能性がある<br>
	 * その問題は他のメソッドで解消している。slim3を使ってグローバルなトランザクションを利用すれば
	 * この問題は解決するかも
	 * @param dataList ひとり分のデータを複数に分割したList
	 * @param updateCount
	 * @return 
	 */
	private static boolean store2(ArrayList<TwitterUserData2> dataList, int updateCount){
		boolean isStored = true;

		PersistenceManager pm = PMF.get().getPersistenceManager();
		Transaction tx = pm.currentTransaction();

		ArrayList<TwitterUserData2Cupsul> dataToStore = new ArrayList<TwitterUserData2Cupsul>(dataList.size());
		for(int i = 0; i < dataList.size(); i++){
			TwitterUserData2Cupsul c = new TwitterUserData2Cupsul(dataList.get(i), dataList.size(), i);
			if(dataList.get(i).getUpdatedDate() != null){
				c.setUpdatedDate(dataList.get(i).getUpdatedDate());
			}
			c.setVersion(2);
			c.setUpdateCount(updateCount);
			dataToStore.add(c);
		}

		try {
			for(TwitterUserData2Cupsul data: dataToStore){
				tx.begin();
				pm.makePersistent(data);
				tx.commit();
			}
		} finally {
			if (tx.isActive()){
				tx.rollback();
				isStored = false;
			}
			pm.close();
		}

		return isStored;
	}

Math.min(followingList.size(), followersList.size()) 等ループ無いに計算式を入れるより、
事前に計算後に固定値としてループは回した方がよいです。
トランザクション処理もrollback等でエラーが出ることもあると思うのでtry-catchで囲んだ方がいいですが
そこまでするとコードがごてごてするかな？