シーン内のルートオブジェクトを取得するメソッドをtransformに追加する

TransformExtension.cs

using UnityEngine;
using System.Collections;
using System;

public static class TransformExtension
{
	public static GameObject[] FindRootObject (this Transform transform)
	{
		return Array.FindAll (GameObject.FindObjectsOfType<GameObject> (), (item) => item.transform.parent == null);
	}
}

実際に使う場合はこんな感じで使う。
ただactiveじゃないオブジェクトは取得できないので注意。その手の物は自己登録式でリスト作ったほうが効率的（もしくはエディタ拡張でビルド時にリスト作っちゃうか）

using UnityEngine;

public class Sample : MonoBehaviour
{
    void Start ()
    {
        var rootObjects = transform.FindRootObject ();
        foreach (var obj in rootObjects) {
            Debug.Log (obj.name);
        }
    }
}