RStudioを使ったPDF文書の作成

default.latex

\documentclass[$if(fontsize)$$fontsize$,$endif$$if(lang)$$lang$,$endif$$if(papersize)$$papersize$,$endif$$for(classoption)$$classoption$$sep$,$endfor$]{$documentclass$}
$if(fontfamily)$
\usepackage{$fontfamily$}
$else$
\usepackage{lmodern}
$endif$
$if(linestretch)$
\usepackage{setspace}
\setstretch{$linestretch$}
$endif$
\usepackage{amssymb,amsmath}
\usepackage{ifxetex,ifluatex}
\usepackage{fixltx2e} % provides \textsubscript
\ifnum 0\ifxetex 1\fi\ifluatex 1\fi=0 % if pdftex
  \usepackage[T1]{fontenc}
  \usepackage[utf8]{inputenc}
$if(euro)$
  \usepackage{eurosym}
$endif$
\else % if luatex or xelatex
  \ifxetex
    \usepackage{mathspec}
    \usepackage{xltxtra,xunicode}
  \else
    \usepackage{fontspec}
    \usepackage{luatexja}
  \fi
  \defaultfontfeatures{Mapping=tex-text,Scale=MatchLowercase}
  \newcommand{\euro}{\UTF{20AC}}
$if(mainfont)$
    \setmainfont{$mainfont$}
$endif$
$if(sansfont)$
    \setsansfont{$sansfont$}
$endif$
$if(monofont)$
    \setmonofont[Mapping=tex-ansi]{$monofont$}
$endif$
$if(mathfont)$
    \setmathfont(Digits,Latin,Greek){$mathfont$}
$endif$
\fi
% use upquote if available, for straight quotes in verbatim environments
\IfFileExists{upquote.sty}{\usepackage{upquote}}{}
% use microtype if available
\IfFileExists{microtype.sty}{\usepackage{microtype}}{}
$if(geometry)$
\usepackage[$for(geometry)$$geometry$$sep$,$endfor$]{geometry}
$endif$
$if(natbib)$
\usepackage{natbib}
\bibliographystyle{$if(biblio-style)$$biblio-style$$else$plainnat$endif$}
$endif$
$if(biblatex)$
\usepackage{biblatex}
$if(biblio-files)$
\bibliography{$biblio-files$}
$endif$
$endif$
$if(listings)$
\usepackage{listings}
$endif$
$if(lhs)$
\lstnewenvironment{code}{\lstset{language=Haskell,basicstyle=\small\ttfamily}}{}
$endif$
$if(highlighting-macros)$
$highlighting-macros$
$endif$
$if(verbatim-in-note)$
\usepackage{fancyvrb}
$endif$
$if(tables)$
\usepackage{longtable,booktabs}
$endif$
$if(graphics)$
\usepackage{graphicx}
\makeatletter
\def\maxwidth{\ifdim\Gin@nat@width>\linewidth\linewidth\else\Gin@nat@width\fi}
\def\maxheight{\ifdim\Gin@nat@height>\textheight\textheight\else\Gin@nat@height\fi}
\makeatother
% Scale images if necessary, so that they will not overflow the page
% margins by default, and it is still possible to overwrite the defaults
% using explicit options in \includegraphics[width, height, ...]{}
\setkeys{Gin}{width=\maxwidth,height=\maxheight,keepaspectratio}
$endif$
\ifxetex
  \usepackage[setpagesize=false, % page size defined by xetex
              unicode=false, % unicode breaks when used with xetex
              xetex]{hyperref}
\else
  \usepackage[unicode=true]{hyperref}
\fi
\hypersetup{breaklinks=true,
            bookmarks=true,
            pdfauthor={$author-meta$},
            pdftitle={$title-meta$},
            colorlinks=true,
            citecolor=$if(citecolor)$$citecolor$$else$blue$endif$,
            urlcolor=$if(urlcolor)$$urlcolor$$else$blue$endif$,
            linkcolor=$if(linkcolor)$$linkcolor$$else$magenta$endif$,
            pdfborder={0 0 0}}
\urlstyle{same}  % don't use monospace font for urls
$if(links-as-notes)$
% Make links footnotes instead of hotlinks:
\renewcommand{\href}[2]{#2\footnote{\url{#1}}}
$endif$
$if(strikeout)$
\usepackage[normalem]{ulem}
% avoid problems with \sout in headers with hyperref:
\pdfstringdefDisableCommands{\renewcommand{\sout}{}}
$endif$
\setlength{\parindent}{0pt}
\setlength{\parskip}{6pt plus 2pt minus 1pt}
\setlength{\emergencystretch}{3em}  % prevent overfull lines
$if(numbersections)$
\setcounter{secnumdepth}{5}
$else$
\setcounter{secnumdepth}{0}
$endif$
$if(verbatim-in-note)$
\VerbatimFootnotes % allows verbatim text in footnotes
$endif$
$if(lang)$
\ifxetex
  \usepackage{polyglossia}
  \setmainlanguage{$mainlang$}
\else
  \usepackage[$lang$]{babel}
\fi
$endif$

$if(title)$
\title{$title$$if(subtitle)$\\\vspace{0.5em}{\large $subtitle$}$endif$}
$endif$
$if(author)$
\author{$for(author)$$author$$sep$ \and $endfor$}
$endif$
\date{$date$}
$for(header-includes)$
$header-includes$
$endfor$

\begin{document}
$if(title)$
\maketitle
$endif$
$if(abstract)$
\begin{abstract}
$abstract$
\end{abstract}
$endif$

$for(include-before)$
$include-before$

$endfor$
$if(toc)$
{
\hypersetup{linkcolor=black}
\setcounter{tocdepth}{$toc-depth$}
\tableofcontents
}
$endif$
$body$

$if(natbib)$
$if(biblio-files)$
$if(biblio-title)$
$if(book-class)$
\renewcommand\bibname{$biblio-title$}
$else$
\renewcommand\refname{$biblio-title$}
$endif$
$endif$
\bibliography{$biblio-files$}

$endif$
$endif$
$if(biblatex)$
\printbibliography$if(biblio-title)$[title=$biblio-title$]$endif$

$endif$
$for(include-after)$
$include-after$

$endfor$
\end{document}

doc.Rmd

---
title: "RStudioを使ったPDF文書の作成"
author: "@uribo http://twitter.com/u_ribo"
date: "June 24, 2014"
output:
  pdf_document: 
    toc: true
    toc_depth: 3
    highlight: tango
    fig_caption: true
    latex_engine: lualatex
    template: default.latex
---

## 実行環境

* OS: Mac OS X 10.9.3
* R 3.1.0 Patched (2014-06-16 r65952) "Spring Dance"
* RStudio 0.98.932
* Mac TeX 2014

日本語まわりのこと以外はMacでもWindowsでもほとんど違いがないのではないでしょうか...。


## RStudioでファイルをPDFに変換する

RStudioで作成した`.Rmd`ファイルはさくっと他形式のファイルに変換可能なことは[以前書きました](http://qiita.com/uri/items/0c3b3f918f79b3e3e6d4#2-2)。今回はどのプラットフォームでも表示が崩れることがないPDFでの出力を行います。必要なのはひと通りTeXの出力ができる環境です。

メニューバーから　File -> New File -> R Markdown ... からDocumentを選択し、Default Output FormatのところをPDFにチェックしてOKとしてください（あとで変更することも可能です）。

すると以下のようなテンプレートファイルが作成されます。

```{r, eval=FALSE}
---
title: "Untitled"
author: "author"
date: "June 24, 2014"
output:
  pdf_document:
    toc: true
    fontsize: 12pt
    highlight: tango
---

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax 
for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on 
using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.
```

ハイフンで挟まれた部分がheaderとなり、ここで全体の設定（出力形式や目次の有無、フォントサイズ、Rスクリプトのハイライトの見た目などの変更）をしています（後述 -> <a href="#2-3">LaTeX オプション</a>）。ハイフン以下の部分が出力される本文および実行するRスクリプトとなります。

### 図の名前、種類と保存先

保存される図の名前、種類、保存先はchunk optionにて設定が可能です。

作図した図はデフォルトでは`.pdf`として保存されます。TeXはPDFファイルの埋め込みに対応しているので、綺麗な図をそのまま表示させることが可能です。図の保存先は`ファイル名_files`というフォルダに保存されます。

これらを変更したい場合にはchunk optionにて、`chunk name`、`dev`と`fig.pagh`でそれぞれ指定します。

`{r fig1, dev='png', fig.path='figure/'}`

とした場合、figureフォルダ内に`fig1.png`というファイルが生成されます。

## LaTeX オプション

LaTeXのプリアンブルで行うようなドキュメント全体の指定はheader部分で行います。こちらについては[公式ページ](http://rmarkdown.rstudio.com/pdf_document_format.html#latex-options)の説明が詳しいです。

## 日本語の問題

さてさて便利な`Rmd`から`PDF`への変換機能ですが、日本語を含む文書あるいは図が上手く表示されない、ということがあります。そんなわけで**あれこれ格闘してみた結果**です。

### 日本語でおｋな文書

「[RStudio(Windows)でSweave(.Rnw)を使って一発でpdf作りたい - My Life as a Mock Quant](http://d.hatena.ne.jp/teramonagi/20140203/1391429752)」で書かれている通り、lualatexでのPDF作成を行います。latex_engineに`lualatex`とし、`.tex`ファイルのほうで`luatexja`パッケージの読み込み指定が必要となるので、[pandoc templates](https://github.com/jgm/pandoc-templates/blob/master/default.latex)に`\usepackage{luatexja}`を加える。たぶんこれで大丈夫なはず...。どうでしょうか？

ref) [RStudio(Windows)でSweave(.Rnw)を使って一発でpdf作りたい - My Life as a Mock Quant](http://d.hatena.ne.jp/teramonagi/20140203/1391429752)

### 日本語でおｋな図

自分の環境だけかもしれませんが、次のようにすると問題なく表示できます。まずchunk optionで`warning=FALSE`とし（エラーメッセージの非表示）、`dev='cairo_pdf'`とします。ついで作図、となりますが重要なのは作図デバイスの呼び出し前に**par(family="")でフォントファミリーを指定**することです。`Osaka`なり`Hiragino`なり、お好みのフォントファミリーに変更してください。

ref) [グラフの描き方](http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/stat/graphs.html)

```{r fig1, echo=FALSE, fig.cap="にほんご", warning=FALSE, dev='cairo_pdf'}
par(family="Osaka")
plot(cars, main=c("日本語でおｋ"), xlab="にほんご")
```


### Windowsでは？

@takeshouさんによるメモが参考になりそうです。

ref) [RStudioで日本語PDF - ぼやかないつもりのメモ](http://d.hatena.ne.jp/takeshou/20140624/1403579987)


## I wished it!

本が出たみたいですね。...欲しい。

* [ドキュメント・プレゼンテーション生成 / 金 明哲　編 高橋 康介　著 | 共立出版](http://www.kyoritsu-pub.co.jp/bookdetail/9784320123724)

```{r, echo=FALSE}
sessionInfo()
```