学名の属名と種小名から略称を生成する関数

generate-abbreviation.r

library(stringr)

# お試しデータフレームの作成
df <- data.frame(
  Species = c("Quercus serrata", "Quercus acuta", "Fagus crenata", "Viburnum odoratissimum var. awabuki"),
  DBH = c(30, 35, 37, 18))
  
# 関数の定義
get.abb <- function (species, genus.max = 2, spsn.max = 2, sep = "."){
  species <- as.character(species)
  abb <- paste(
    substr(species, 1, genus.max), 
    substr(str_split_fixed(species, " ", 10)[, 2], 1, spsn.max), 
    sep = sep)  
  # duplicated(abb)  
  return(abb)
}

# 関数の実行
get.abb(df$Species)