Data.java

/**
 * Classe para funções de tratamento de data.
 */
public class Data
{
  /**
   * Função para formatar o tempo em segundos para HH:MM:SS
   * @param tempoSegundos Tempo gasto em segundos
   * @return String Tempo formatado
   */
  public String formataTempo(long tempoSegundos)
  {
    long segundos = tempoSegundos % 60;
    tempoSegundos /= 60;
    long minutos = tempoSegundos % 60;
    tempoSegundos /= 60;
    long horas = tempoSegundos % 24;
    return strzero(horas) + ":" + strzero(minutos) + ":" + strzero(segundos);
  }
  /**
   * Função para formatar com zero.
   * @param num
   * @return
   */
  private String strzero(long num)
  {
    if (num < 10)
      return "0" + String.valueOf(num);
    else
      return String.valueOf(num);
  }
}

implementacao.java

// Unix time do momento que iniciou o processo:
long unixTimeInicio;
// Unix time do momento que finalizou o processo:
long unixTimeFim;
Data cData = new Data();
tempoGasto = cData.formataTempo(unixTimeFim - unixTimeInicio);