~/.config/fontconfig/fonts.conf

fonts.conf

<?xml version='1.0'?>
<!DOCTYPE fontconfig SYSTEM 'fonts.dtd'>
<fontconfig>
<!-- Default serif fonts -->
 <match target="pattern">
   <test qual="any" name="family"><string>serif</string></test>
   <edit name="family" mode="prepend" binding="same"><string>TakaoPMincho</string>  </edit>
 </match>
<!-- Default sans fonts -->
 <match target="pattern">
   <test qual="any" name="family"><string>sans-serif</string></test>
   <edit name="family" mode="prepend" binding="same"><string>TakaoPGothic</string>  </edit>
 </match>
</fontconfig>

linux系のデフォルトフォント serif・sans-serifをTakaoフォントにする

$ cp fonts.conf ~/.config/fontconfig/fonts.conf
$ fc-cache
$ fc-match serif
$ fc-match sans