検索のキーワードを大小文字関係なくかつ検索元のワードを変更せずにマークアップする方法 ref: https://qiita.com/yoshiki-0428/items/b8221d0fa478b3efc9f7

file0.java

String keyword = "java";
String data = "Java java javaJava";

// (?i)で大文字小文字区別しない
// ヒットした文字を()でグループ化
data = data.replaceAll("((?i)" + Pattern.quote(keyword) + ")", "<mark>$1</mark>");

// <mark>Java</mark> <mark>java</mark> <mark>java</mark><mark>Java</mark>
System.out.println(data);

良くない例

Pattern p = Pattern.compile(keyword, Pattern.CASE_INSENSITIVE).matcher(data);
while(p.find()) {
  int start = p.start();
  int end   = p.end();
  ~発見した位置情報から計算してゴリゴリタグを埋めていく~
}