Atomで複数フォルダをプロジェクトに登録してSFTPする方法 ref: http://qiita.com/youthkee/items/2910b10f5ece27ba9d9f

deployment-config.json

{
  "type": "ftp",
  "host": "example.com",
  "user": "username",
  "password": "password",
  "port": "21",
  "remotePath": "/example/path"
}

file1.txt

prj1
│
├── htdocs
│   ├── index.html
│   ├── img
│   │   └── logo.png
│   ├── css
│   │   └── style.css
│   └── js
│       └── script.js
│
└── _work
    ├──src
    │   ├── index.jade
    │   ├── img
    │   │   └── logo.png
    │   └── css
    │       └── style.scss
    │
    ├── package.json
    ├── gulpfile.js
    └── node_modules

file2.txt

htdocs
├── index.html
├── img
│   └── logo.png
├── css
│   └── style.css
├── js
│   └── script.js
│
└── deployment-config.json

_work
├──src
│   ├── index.jade
│   ├── img
│   │   └── logo.png
│   └── css
│       └── style.scss
│
├── package.json
├── gulpfile.js
└── node_modules