層によるオッズ比が異なるかどうかを検定するに は,Tarone の検定を利用する. Taroneの検定スクリプト

calcTaronesTest.R

##metaforパッケージをインストールする
#install.packages("metafor")
#library("metafor")

calcTaronesTest <- function(mylist,referencerow=2)
  {
numstrata <- length(mylist)
# 各層における曝露グループの人数のアレイ"ntrt"を作る
# 各層における非曝露グループの人数のアレイ"nctrl"を作る
# 各層における疾病を持つ曝露グループの人数のアレイ"ptrt"を作る
# 各層における疾病を持つ非曝露グループの人数のアレイ"pctrl"を作る
# 各層における疾病を持たない曝露グループの人数のアレイ"htrt"を作る
# 各層における疾病を持たない非曝露グループの人数のアレイ"hctrl"を作る ntrt <- vector()
nctrl <- vector()
ptrt <- vector()
pctrl <- vector()
htrt <- vector()
hctrl <- vector()
if (referencerow == 1) { nonreferencerow <- 2 }
else { nonreferencerow <- 1 }
for (i in 1:numstrata)
{
        mymatrix <- mylist[[i]]
        DiseaseUnexposed <- mymatrix[referencerow, 1]
        ControlUnexposed <- mymatrix[referencerow, 2]
        totUnexposed <- DiseaseUnexposed + ControlUnexposed
        nctrl[i] <- totUnexposed
        pctrl[i] <- DiseaseUnexposed
        hctrl[i] <- ControlUnexposed
        DiseaseExposed <- mymatrix[nonreferencerow, 1]
        ControlExposed <- mymatrix[nonreferencerow, 2]
        totExposed <- DiseaseExposed + ControlExposed
        ntrt[i] <- totExposed
        ptrt[i] <- DiseaseExposed
        htrt[i] <- ControlExposed
}
# "matafor"パッケージにあるrma.mh関数を利用してTaroneの均一性の検定を計算する tarone <- rma.mh(ptrt, htrt, pctrl, hctrl, ntrt, nctrl)
pvalue <- tarone$TAp
print(paste("Tarone の検定の p 値 =", pvalue))
}