yuifu/GTFファイルからTSVを作成する.md

## GTFファイルからTSVを作成する.md

      
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              GTFファイルからTSVを作成する.md
            
          
    テスト用GTFファイルの作成

wget -O - ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_34/gencode.v34.annotation.gtf.gz | gunzip | head -n 1000 > test.gtf

GTFファイルから gene_id, gene_name のTSVを作る

awk 'BEGIN{OFS="\t"; print "gene_id\tgene_name"} $3=="gene"{gsub(/[";]/, ""); print $10,$14}' test.gtf > test.gtf.gene_name.tsv

GTFファイルから gene body のBEDを作る

awk 'BEGIN{OFS="\t"} $3=="gene"{gsub(/[";]/, ""); s=$4-1; print $1,s,$5,$10,0,$7}' test.gtf > test.gtf.bed