Получаем все вложенные директории без рекурсии

RecursiveIteratorIterator.php

<?php
$iterator = new RecursiveIteratorIterator(
    new RecursiveDirectoryIterator('/home/nepster/www/test.ru'),
    RecursiveIteratorIterator::SELF_FIRST);

foreach($iterator as $file) {
    if($file->isDir()) {
        echo $file->getRealpath(), PHP_EOL;
    }
}