zitmen

function loc = detector_wavelet(image,params)
% finds molecule candidates using undecimated wavelet transform
% params.watershed : if nonzero, performs splitting of nonconvex regions by
%   watershed transform
% params.upsample : if nonzero, upsample by 2 before watershed transform and then
%   downsample
% steps of localization:
%   -first two planes of UWT are calculated
%   -threshold is selected as a combination of std of the first UWT plane and a multiplier
%   -second UWT plane is thresholded to create a mask

zitmen

```{r eval=FALSE, include=FALSE}
# Staci spustit tyto 3 radky pro vygenerovani a zobrazeni clanku!
setwd('C:/Users/Martin/Desktop')
knitr::knit2html('graf-knit.Rmd', fragment.only=FALSE)
browseURL(paste('file:///', getwd(), '/graf-knit.html', sep=''))
```
Rychlý náhled grafu v R (+ krátce o knitru)
===========================================

Každý, kdo někdy řešil grafový problém, asi ví, že málo co pomůže vymyslet efektivní řešení jako dobré pochopení úlohy. K tomu je dost potřeba si pár takových grafů načmárat na papír. To ale může být pěkná otrava, protože například v různých programovacích úlohách máme na vstupu soubor se seznamem hran nebo např. maticí sousednosti. V trošku zamotanějším grafu se pak snadno udělá chyba. Proto jsem se podíval jak je to se softwarem v této oblasti.

zitmen

#include <iostream>
#include <iomanip>
#include <cmath>

using namespace std;

// ============= Integral by rectangles method ================= //
// fp - integrated function
// a  - lower bound
// b  - upper bound

zitmen

#ifndef __BINARY_HEAP_H__
#define __BINARY_HEAP_H__

#include <exception>
#include <ostream>
using std::exception;
using std::ostream;

template<typename T>
class BinaryHeap

zitmen

% Note: the difference between 'density' and 'gauss' is that 'gauss' is
%       using amplitude parameter and the 'density' does not
%
function projection3D
    addpath('./qrot3d');
    %
    % config
    imsiz = [ 256 256 ];   % [rows cols] => [height width]
    resolution = 0.25;   % (r < 1)=>upscaling; (r > 1)=>downscaling
    roi = [ 0 imsiz(1) 0 imsiz(2) ];

zitmen

#include <iostream>
#include <string>

#include <boost/numeric/ublas/matrix.hpp>
#include <boost/numeric/ublas/matrix_expression.hpp>
using namespace boost::numeric::ublas;

void print(std::ostream &os, const matrix<double> &M, const std::string &name)
{
  os << name << " = [\n";