Qui come farlo con cs2cs.
A partire da un file di input fatto così, longitudine, latitudine e quota (che si può impostare a zero, se è una info assente)
13d25'18" 38d5'25" 0
6d5'8" 35d58'47" 0
si può lanciare il comando
cs2cs -f '%.6f' +proj=latlong +datum=WGS84 +to +proj=latlong +datum=WGS84 input.txt
che restituirà
13.421667 38.090278 0.000000
6.085556 35.979722 0.000000