bowtie test

comic-test

$ docker run --rm -v $(pwd)/data2:/data comics/bowtie2 wgsim -e 0 -N 10000 -1 300 -2 300 -r 0 -R 0 /data/s_cerevisiae.fa /data/sample_seq_1.fastq /data/sample_seq_2.fastq
[wgsim] seed = 1524818001
[wgsim_core] calculating the total length of the reference sequence...
[wgsim_core] 18 sequences, total length: 12162995

$ ls -alh data2
total 25M
drwxr-xr-x 2 alper alper 4.0K Apr 27 11:32 .
drwxr-xr-x 4 alper alper 4.0K Apr 27 11:31 ..
-rw-r--r-- 1 root  root  6.2M Apr 27 11:33 sample_seq_1.fastq
-rw-r--r-- 1 root  root  6.2M Apr 27 11:33 sample_seq_2.fastq
-rw-r--r-- 1 alper alper  12M Apr 27 11:31 s_cerevisiae.fa

$ head GCF_000001405.38_GRCh38.p12_genomic.fna
>NC_000001.11 Homo sapiens chromosome 1, GRCh38.p12 Primary Assembly
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

docker run --memory 5g --rm -v A:\Homosapiens:/data alperyilmaz/bowtie2-samtools bowtie2 -
x hg18 -1 h.sapiens_seq_1.fastq -2 h.sapiens_seq_2.fastq -S output1.sam
Killed
(ERR): bowtie2-align exited with value 137