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@aminophen

aminophen/kekulene-all.tex

Last active Aug 29, 2015
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ケクレンの化学構造式を LaTeX 文書中に挿入する http://acetaminophen.hatenablog.com/entry/2015/01/07/232254
\documentclass[12pt]{jsarticle}
\usepackage{xymtex} % for xymtex
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx} % for chemfig and chemobabel
\usepackage{chemfig}
\usepackage{chemobabel}
\begin{document}
自作パッケージ \textsf{chemobabel} による出力。
1つ目は \verb|\chemobabel| コマンドにより MDL Molfile から変換(Marvin Sketch で描画)したもので、2つ目は ChemSpider に例示されている SMILES 記法から変換。
\begin{figure}[htbp]
\centering
\chemobabel[scale=0.5]{Kekulene.mol}{} \\
\begingroup
\catcode`\~=0
\catcode`\%=11
\catcode`\\=11
~smilesobabel[scale=0.5]{c1cc2cc3ccc4cc5ccc6cc7ccc8cc9ccc%10cc%11ccc%12cc1c1c2cc3c4cc5c6cc7c8cc9c%10cc%11c%12c1}{}
~endgroup
\end{figure}
\clearpage
\XyMTeX による出力。
\begin{picture}(2000,1800)\put(280,1050){%
\sixheterov[fb{b\sixfusev[ac{b\sixfusev[ac{c\sixfusev[bd{c%
\sixfusev[bd{d\sixfusev[ce{d\sixfusev[ce{e\sixfusev[df{e%
\sixfusev[df{f\sixfusev[ae{f\sixfusev[ae{a\sixfusev[fb]{}{}{D}}]{}{}{C}}]{}{}{C}}]{}{}{B}%
}]{}{}{B}}]{}{}{A}}]{}{}{A}}]{}{}{F}}]{}{}{F}}]{}{}{E}}]{}{}{E}}]{}{}[D]%
}\end{picture}
\textsf{chemfig} による出力(ソースは doraTeX さんのものを借用)。
\begin{picture}(1500,1350)\put(91,700){%
\setatomsep{1.5em}
\chemfig{[:60]*6(=-(*6(-(*6(-=(*6(-(*6(-=(*6(-(*6(-=(*6(-(*6(=-(*6(-(*6(=-(*6(---=-))=-=))--=-))=-=))--=-))-=-=))--=-))-=-=))--=-))-=-))=-=-))=-=-)}%
}\end{picture}
\end{document}
@aminophen

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@aminophen aminophen commented Jan 7, 2015

ケクレンの構造式を自作の chemobabel パッケージで出力。
合わせて XyMTeX と chemfig によるソースも示した。
なお、chemobabel で用いた Kekulene.mol は ChemSpider から入手するか、WYSIWYG なエディタを用いて別途描画する必要がある。

@aminophen

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@aminophen aminophen commented Jan 7, 2015

ちなみに chemobabel.sty は「xparse を利用すれば verbatim な引数を扱える」ように改良できるが…

  • \smilesobabel コマンドは非推奨(SMILES 記法は一般にあまり用いられない、変換結果が時に不自然)
  • xparse パッケージは内部で expl3 などの LaTeX3 のパッケージを読むが、環境によっては使えない

という事情を考慮し、chemobabel パッケージの目玉である ChemDraw ファイル等からの変換を古い TeX 環境で犠牲にしないためにも改訂は行っていない。現在ドキュメントで \chemobabel コマンドを推奨する旨を明記する改訂作業中。

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