ケクレンの化学構造式を LaTeX 文書中に挿入する http://acetaminophen.hatenablog.com/entry/2015/01/07/232254

kekulene-all.tex

\documentclass[12pt]{jsarticle}
\usepackage{xymtex} % for xymtex
\usepackage[dvipdfmx]{graphicx} % for chemfig and chemobabel
\usepackage{chemfig}
\usepackage{chemobabel}
\begin{document}

自作パッケージ \textsf{chemobabel} による出力。
1つ目は \verb|\chemobabel| コマンドにより MDL Molfile から変換（Marvin Sketch で描画）したもので、2つ目は ChemSpider に例示されている SMILES 記法から変換。

\begin{figure}[htbp]
\centering
\chemobabel[scale=0.5]{Kekulene.mol}{} \\
\begingroup
  \catcode`\~=0
  \catcode`\%=11
  \catcode`\\=11
  ~smilesobabel[scale=0.5]{c1cc2cc3ccc4cc5ccc6cc7ccc8cc9ccc%10cc%11ccc%12cc1c1c2cc3c4cc5c6cc7c8cc9c%10cc%11c%12c1}{}
~endgroup
\end{figure}

\clearpage

\XyMTeX による出力。

\begin{picture}(2000,1800)\put(280,1050){%
\sixheterov[fb{b\sixfusev[ac{b\sixfusev[ac{c\sixfusev[bd{c%
\sixfusev[bd{d\sixfusev[ce{d\sixfusev[ce{e\sixfusev[df{e%
\sixfusev[df{f\sixfusev[ae{f\sixfusev[ae{a\sixfusev[fb]{}{}{D}}]{}{}{C}}]{}{}{C}}]{}{}{B}%
}]{}{}{B}}]{}{}{A}}]{}{}{A}}]{}{}{F}}]{}{}{F}}]{}{}{E}}]{}{}{E}}]{}{}[D]%
}\end{picture}

\textsf{chemfig} による出力（ソースは doraTeX さんのものを借用）。

\begin{picture}(1500,1350)\put(91,700){%
\setatomsep{1.5em}
\chemfig{[:60]*6(=-(*6(-(*6(-=(*6(-(*6(-=(*6(-(*6(-=(*6(-(*6(=-(*6(-(*6(=-(*6(---=-))=-=))--=-))=-=))--=-))-=-=))--=-))-=-=))--=-))-=-))=-=-))=-=-)}%
}\end{picture}

\end{document}

ちなみに chemobabel.sty は「xparse を利用すれば verbatim な引数を扱える」ように改良できるが…

• \smilesobabel コマンドは非推奨（SMILES 記法は一般にあまり用いられない、変換結果が時に不自然）
• xparse パッケージは内部で expl3 などの LaTeX3 のパッケージを読むが、環境によっては使えない

という事情を考慮し、chemobabel パッケージの目玉である ChemDraw ファイル等からの変換を古い TeX 環境で犠牲にしないためにも改訂は行っていない。現在ドキュメントで \chemobabel コマンドを推奨する旨を明記する改訂作業中。