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## 20190910-manager_R_packages.md

      
    Raw
  

              20190910-manager_R_packages.md
            
          
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  Manage R packages
  2019-09-10 16:59:04 +0800
  false
  
  
  Linux
  basic
  
  
  R
  update
  
  
  linux
  
  
本文涉及到 R 和 R packages 的安装、更新等。

工作常用 Linux 环境，偶尔会遇到 R版本更新，R packages 更新，等问题；
把我的日常使用中遇到的问题整理如下：

安装 R （Linux / Windows）
安装 R packages:  CRAN, Bioconductor, Github
管理 library()
升级 R

1. 安装 R

以 Ubuntu 18.04 server 系统为例，需要在系统中增加专门的 R repository，以下操作需要用到 sudo权限；
# Add GPG key
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

# Add the R repository
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'

# Update your Package list
sudo apt update

# Install R
sudo apt install r-base

# Test
R
例如：
R version 3.6.1 (2019-07-05) -- "Action of the Toes"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License versions 2 or 3.
For more information about these matters see
https://www.gnu.org/licenses/.
If you’re not using 18.04, find the relevant repository from the R Project Ubuntu list, named for each release.
没有root权限怎么办？
参考 conda的解决方案，管理各种软件的版本；
2. 安装R包

常用的R软件包有几个来源：

a. 来自CRAN的软件包

install.packages("Name-of-package")

来自Bioconductor

Bioconductor是一个基于R语言的生物信息学平台，发布生物数据的注释、分析、可视化等软件包。安装相关软件的办法如下：

b. Bioconductor的稳定版软件发布周期是6个月。

# 首先需要安装 bioconductor 团队开发并发布在 CRAN 上的软件包： BiocManager
install.packages("BiocManager")

# 在 bioconductor 网站找到自己需要的软件包，例如：GenomicRanges
BiocManager::install("GenomicRanges")

c. 来自 Github

还有一些 R packages的开发者没有将代码上传到 CRAN 或 Bioconductor，而是直接发布在 Github上；我们还是有办法安装这些软件包，不过需要先安装一个CRAN上的软件包: devtools；
if (!require("devtools"))
    install.packages("devtools")

devtools::install_github()
危险
这么多安装办法，记不住怎么办？当然有办法解决（偷懒），ygc大神介绍，可以通过install.packages()一招搞定 CRAN和Bioconductor两个来源的软件吧；
这是有前提的：使用最新版的 R

你要做的很简单，在~/.Rprofile里加入以下两行：
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
utils::setRepositories(ind=1:2)


第一行，使用国内的镜像，我这里用的是清华大学的，第二行，设定install.packages从CRAN和Bioconductor中搜索包，其实你还可以让它支持比如R-Forge以及各种第三方的仓库。
然后你就可以愉快地使用install.packages来安装Bioconductor包了。
请确保你一直在使用最新版本的R。

3. 管理 library()

R默认安装路径是：/usr/bin/R；相应的library路径是：/usr/lib/R/library/ (也许还有其他的路径）；
日常使用中，默认的 library 是不可写（需要 root权限）；解决办法是设置个人目录下的 library path :
在 ~/.Rprofile文件中添加一行：
.libPaths("~/Library/R/3.5/library")
4. 升级 R

经常遇到需要升级R，接着就面临 R packages更新的问题（通常这个过程会比较头疼）；
解决办法如下：

a. 使用 步骤1 中提到的办法，安装最新版R  (例如： 3.5 to 3.6)
b. 默认使用了步骤3的办法管理 library: ~/Library/R/3.5/library
c. 修改目录名：~/Library/R/3.5 -> ~/Library/R/3.6
d. 修改 ~/.Rprofile 文件中 .libPath()中的目录名
e. 更新 packages :  rvcheck::update_all()，可以更新 CRAN, Bioconductor 和 Github 包。
f. 更新 Bioconductor

某些情况下，R的版本更新和 Bioconductor的更新凑到一起了，顺便也把 Bioconductor也更新了。我这次遇到的情况是，R从3.5升级到3.6，这期间，Bioconductor也从3.8升级到3.9；
# 前提是已经安装过 bioconductor 3.8
# 使用如下命令，安装最新版 bioconductor
BiocManager::install(version = "3.9")
总结

更新 R和R Packages:

升级 R （参考 步骤1）
修改 ~/.Rprofile 中的 library path
升级软件包：rvcheck::update_all()
升级Bioconductor: BiocManager::update(version = "3.9") # 指定当前最新版本号