В PhpStorm выбрать кодстиль PSR: Settings → Editor → Code Style → PHP → Set from... → Predefinded Style → PSR1/PSR2
Настроить в PhpStorm правильные переносы файлов: Settings → Editor → Code Style → Line Separator (for new files): Unix and OS X (\n)
В существующих файлах справа внизу в PhpStorm везде должен быть LF (там может быть еще CRLF или CR).
В настройках Directories у каждого проекта .idea, web/assets и runtime ставить Excluded