Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

Avatar

Alexandros Kanterakis kantale

View GitHub Profile
@kantale
kantale / Categorical_Decision_Tree_rules.ipynb
Created Jul 23, 2016
Rule extraction from a Decision Tree with Categorical data through scikit-learn
View Categorical_Decision_Tree_rules.ipynb
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
@kantale
kantale / karyoplot.py
Created Mar 2, 2015
Plot chromosome Ideograms with karyotype with matplotlib
View karyoplot.py
import os
import matplotlib
from matplotlib.patches import Circle, Wedge, Polygon, Rectangle
from matplotlib.collections import PatchCollection
import matplotlib.pyplot as plt
def karyoplot(karyo_filename, metadata={}, part=1):
'''
To create a karyo_filename go to: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables
@kantale
kantale / do.py
Last active Jul 17, 2020
Create random VCXF file from 1000 Genomes Project
View do.py
import random
import re
import gzip
import glob
def get_chr(x):
return int(re.search(r'chr([\d]+)', x).group(1))
def fil(lg):
@kantale
kantale / notes.md
Last active Apr 3, 2020
Προγραμματισμός με τη γλώσσα python
View notes.md

Επικοινωνία

Ώρες/τόπος μαθήματος

  • 8 Νοεμβρίου 2018 . 11:00 - 14:00, 7A-02
  • 22 Νοεμβρίου 2018 . 11:00 - 14:00, 7Α-04
  • 23 Νοεμβρίου 2018 . 10:00 - 13:00, 7Α-02
  • 29 Νοεμβρίου 2018 . 11:00 - 14:00, 7Α-01
@kantale
kantale / project.py
Last active Apr 3, 2020
Υλοποίηση του project στο μάθημα "Εισαγωγή στον προγραμματισμό με τη γλώσσα python" 2018-2019
View project.py
import re
import copy
import gzip
import json
import bisect
import argparse
import requests
from collections import defaultdict, OrderedDict
@kantale
kantale / Dockerfile
Last active Mar 23, 2020
netdata + nginx as proxy
View Dockerfile
FROM ubuntu:16.04
RUN apt-get update && \
apt-get install -y uuid-dev zlib1g-dev gcc make autoconf automake pkg-config libtool libpcre3-dev wget && \
wget -O "libuv-v1.35.0.tar.gz" https://github.com/libuv/libuv/archive/v1.35.0.tar.gz && \
tar zxvf libuv-v1.35.0.tar.gz && \
mkdir -p /libuv-build && \
(cd libuv-1.35.0/; sh autogen.sh; ./configure --prefix=/libuv-build; make; make install)
RUN mkdir -p /netdata-build && \
@kantale
kantale / notes.md
Last active Oct 17, 2019
Προγραμματισμός με τη γλώσσα python 2019-2020
View notes.md

Επικοινωνία

Πρόγραμμα

  • Week 1: Εισαγωγή στη python, γιατί python; anaconda installation, περιβάλλον ανάπτυξης jupyter, markdown, social coding, primitive data types and operations, strings, boolean logic, slicing
  • Week 2: Lists, tuples, for, while, if_then_else, continue, break. Whitespaces for indentation
  • Week 3: List comprehensions
  • Week 4: functions, variable scope, map/reduce, functional programming, recursive functions
  • Week 5: Dictionaries, complex data types, dictionary comprehensions, sets, set comprehensions
  • Week 6: Sorting, Counting, Filtering, lambda functions, generators, generator comprehensions
@kantale
kantale / lesson_1.ipynb
Created Oct 17, 2019
Μάθημα python 17 Οκτωβρίου 2019
View lesson_1.ipynb
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
@kantale
kantale / lesson_1.ipynb
Created Oct 17, 2019
First lesson in python
View lesson_1.ipynb
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
@kantale
kantale / project.md
Last active Sep 21, 2019
Περιγραφή project για το μαθημα "Προγραμματισμός με τη γλώσσα python" 2018-2019
View project.md

Εισαγωγή

Σήμερα υπάρχουν πάρα πολλές βάσεις δεδομένων που περιέχουν πολύτιμη πληροφορία για οποιαδήποτε έννοια της γενετικής. Κλασικά παραδείγματα είναι πληροφορίες για την ακολουθία ενός γονιδίου, τη θέση του στο γονιδιώματα, πόσα exons/introns έχει, κτλ. Η αναζήτηση σε μία τέτοια βάση δεδομένων γίνεται συνήθως με δύο τρόπους. Ο πρώτος είναι να πάμε σε κάποιο site (π.χ. http://www.ensembl.org) και μέσα από τη περιήγησή μας αλλά και τα πεδία που θα δώσουμε σε διάφορες φόρμες να βρούμε τη πληροφορία που θέλουμε. Ο δεύτερος τρόπος είναι να κάνουμε το ίδιο τρόπο προγραμματιστικά. Δηλαδή να φτιάξουμε ένα πρόγραμμα/script το οποίο θα "ρωτάει" μία βάση δεδομένων και θα τυπώνει το αποτέλεσμα.

Είναι προφανές ότι κάθε μέθοδος έχει τα θετικά και τα αρνητικά της. Το να αλληλεπιδρούμε με ένα site είναι αργό (και βαρετό) για επαναλαμβανόμενες ερωτήσεις ενώ ο προγραμματιστικός τρόπος απαιτεί τη γνώση κάποιας γλώσσας προγραμματισμού αλλά και τον τρόπο με τον οποία θα πρέπει να "μιλήσει" το πρόγραμμα με τη βάση.

You can’t perform that action at this time.