kantale

import os
import matplotlib
from matplotlib.patches import Circle, Wedge, Polygon, Rectangle
from matplotlib.collections import PatchCollection
import matplotlib.pyplot as plt

def karyoplot(karyo_filename, metadata={}, part=1):
	'''
	To create a karyo_filename go to: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables 

kantale

#!/usr/bin/env perl

# ./inferHLATypes.pl --BAM /gpfs1/well/gsk_hla/bam_output/AA02O9Q_Z2.bam --graph PRG_MHC_GRCh38_withIMGT --sampleID NA12878Direct

use warnings;
use strict;
use FindBin;
use File::Spec;
use Getopt::Long;
use Data::Dumper;

kantale

kantale

{
    "environment_variables": {
        "OBC_WORKFLOW_NAME": "my_fab_wf",
        "OBC_WORKFLOW_EDIT": "1",
        "OBC_NICE_ID": "my_fab_wf__1",
        "OBC_RANDOM_NICE_ID": "v29sj",
        "OBC_SERVER": "http://0.0.0.0:8200/platform"
    },
    "steps": {
        "INIT_STEP": {

kantale

kantale

{
    "environment_variables": {
        "OBC_WORKFLOW_NAME": "my_fab_wf",
        "OBC_WORKFLOW_EDIT": "2",
        "OBC_NICE_ID": "my_fab_wf__2",
        "OBC_RANDOM_NICE_ID": "TSgb2",
        "OBC_SERVER": "http://0.0.0.0:8200/platform"
    },
    "steps": {
        "INIT_STEP": {

kantale

Λίστα με θέματα για τη τελική εξέταση του μαθήματος ΒΙΟΛ-494, "Εισαγωγή στον προγραμματισμό", Τμήμα Βιολογίας, Πανεπιστήμιο Κρήτης. 24 Μαΐου 2021.

Διδάσκοντας: Αλέξανδρος Καντεράκης

Άσκηση 1

Φτιάξτε μία συνάρτηση η οποία θα παίρνει σαν παράμετρο έναν αριθμό. Η συνάρτηση θα υπολογίζει την απόσταση του αριθμού της παραμέτρου από το 0 και το 10. Η συνάρτηση θα επιστρέφει:

• 0 Αν ο αριθμός της παραμέτρου είναι πιο κοντά στο 0 από ότι στο 10.
• 10 Αν ο αριθμός της παραμέτρου είναι πιο κοντά στο 10 από ότι στο 0 ή η απόσταση είναι ίδια.

Σημείωση 1: η απόσταση μεταξύ δύο αριθμών a και b είναι abs(a-b).

kantale

import random

class StatisticalTest:
    def __init__(self,
        D_M, D_NM, H_M, H_NM
    ):
        
        self.D_M = D_M
        self.D_NM = D_NM
        self.H_M = H_M

kantale

How to reproduce:
```bash
pip3 install mavehgvs
```

```python
from mavehgvs.patterns.combined import any_variant 
print (any_variant)
```

kantale

import random
import re
import gzip
import glob

def get_chr(x):
    return int(re.search(r'chr([\d]+)', x).group(1))

def fil(lg):