Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

Alexandros Kanterakis kantale

Block or report user

Report or block kantale

Hide content and notifications from this user.

Learn more about blocking users

Contact Support about this user’s behavior.

Learn more about reporting abuse

Report abuse
View GitHub Profile
@kantale
kantale / notes.md
Last active Oct 17, 2019
Προγραμματισμός με τη γλώσσα python 2019-2020
View notes.md

Επικοινωνία

Πρόγραμμα

  • Week 1: Εισαγωγή στη python, γιατί python; anaconda installation, περιβάλλον ανάπτυξης jupyter, markdown, social coding, primitive data types and operations, strings, boolean logic, slicing
  • Week 2: Lists, tuples, for, while, if_then_else, continue, break. Whitespaces for indentation
  • Week 3: List comprehensions
  • Week 4: functions, variable scope, map/reduce, functional programming, recursive functions
  • Week 5: Dictionaries, complex data types, dictionary comprehensions, sets, set comprehensions
  • Week 6: Sorting, Counting, Filtering, lambda functions, generators, generator comprehensions
@kantale
kantale / lesson_1.ipynb
Created Oct 17, 2019
Μάθημα python 17 Οκτωβρίου 2019
View lesson_1.ipynb
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
@kantale
kantale / lesson_1.ipynb
Created Oct 17, 2019
First lesson in python
View lesson_1.ipynb
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
@kantale
kantale / project.md
Last active Sep 21, 2019
Περιγραφή project για το μαθημα "Προγραμματισμός με τη γλώσσα python" 2018-2019
View project.md

Εισαγωγή

Σήμερα υπάρχουν πάρα πολλές βάσεις δεδομένων που περιέχουν πολύτιμη πληροφορία για οποιαδήποτε έννοια της γενετικής. Κλασικά παραδείγματα είναι πληροφορίες για την ακολουθία ενός γονιδίου, τη θέση του στο γονιδιώματα, πόσα exons/introns έχει, κτλ. Η αναζήτηση σε μία τέτοια βάση δεδομένων γίνεται συνήθως με δύο τρόπους. Ο πρώτος είναι να πάμε σε κάποιο site (π.χ. http://www.ensembl.org) και μέσα από τη περιήγησή μας αλλά και τα πεδία που θα δώσουμε σε διάφορες φόρμες να βρούμε τη πληροφορία που θέλουμε. Ο δεύτερος τρόπος είναι να κάνουμε το ίδιο τρόπο προγραμματιστικά. Δηλαδή να φτιάξουμε ένα πρόγραμμα/script το οποίο θα "ρωτάει" μία βάση δεδομένων και θα τυπώνει το αποτέλεσμα.

Είναι προφανές ότι κάθε μέθοδος έχει τα θετικά και τα αρνητικά της. Το να αλληλεπιδρούμε με ένα site είναι αργό (και βαρετό) για επαναλαμβανόμενες ερωτήσεις ενώ ο προγραμματιστικός τρόπος απαιτεί τη γνώση κάποιας γλώσσας προγραμματισμού αλλά και τον τρόπο με τον οποία θα πρέπει να "μιλήσει" το πρόγραμμα με τη βάση.

@kantale
kantale / scripts.md
Last active Jul 20, 2019
Useful scripts for installing tools
View scripts.md

hapgen2 2.1.2

Install

wget https://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/hapgen/download/builds/macosx_intel/v2.1.2/hapgen2_macosx_intel.tar.gz
tar zxvf hapgen2_macosx_intel.tar.gz

validate

@kantale
kantale / notes.md
Last active Jun 15, 2019
TEI_assignments_notes
View notes.md

This is a list of common mistakes and bad practices seen in assignments submitted for the Bioinformatics lesson.

Note 1

Prefer using with instead of open/close

https://www.pythonforbeginners.com/files/reading-and-writing-files-in-python

One bonus of using this method is that any files opened will be closed automatically after you are done. This leaves less to worry about during cleanup.

Avoid:

@kantale
kantale / assignment_5.md
Last active May 6, 2019
5th assignment python
View assignment_5.md

ΣΗΜΑΝΤΙΚΟ Προσπαθήστε να λύσετε τις ασκήσεις 1,2,3,4,5 χωρίς for και while. Εκτός από τη 5 δεν θα κοπεί βαθμός αν χρησιμοποιήσετε for. Αν κάνετε τη 3 χωρίς for, bonus 10 βαθμούς (Δηλαδή θα πάρει 20/10).

Άσκηση 1

Φτιάξτε μία συνάρτηση που θα παίρνει δύο ορίσματα Χ, Υ. Θα επιστρέφει έναν πίνακα numpy με διαστάσεις Χ και Υ όπου το στοιχείο i,j του πίνακα θα είναι ίσο με ij. Το i θα παίρνει τιμές από το 1 μέχρι ΚΑΙ το Χ, το j θα παίρνει τιμές από το 1 μέχρι ΚΑΙ το Υ.

Άσκηση 2

Φτιάξτε μία συνάρτηση η οποία θα παίρνει έναν numpy πίνακα και θα επιστρέφει έναν νέο πίνακα, όπου όλα τα στοιχεία θα είναι 0 εκτός τα στοιχεία της περιμέτρου τα οποία θα είναι τα ίδια. Δηλαδή αν έχουμε τον πίνακα:

Α = np.array([
@kantale
kantale / lesson_3.ipynb
Created Apr 8, 2019
lesson_TEI_8_apr_2019
View lesson_3.ipynb
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
@kantale
kantale / lesson_2.ipynb
Created Apr 1, 2019
TEI lesson_2 1 April 2019
View lesson_2.ipynb
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
View lesson_3.ipynb
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
You can’t perform that action at this time.