Unity 5 には Xcode Manipulation API が標準で搭載されており、これを使うことで、Unity の出力する Xcode プロジェクトを比較的簡単にカスタマイズすることができます。
ここでは例として、Unity から出力される Xcode プロジェクトの Info.plist ファイルを書き換えてみます。
下にある XcodeProjectUpdater.cs がそれです。このファイルを Editor ディレクトリ下に放り込んでおきます。すると、ビルド時に Info.plist を書き換えて、“TestEntry” というキーに “Hello” という値を設定します。見たそのまんまのシンプルな内容です。
鍵となるのは UnityEditor.iOS.Xcode に用意されている PlistDocument と PBXProject です。これらのクラスを使うことで、plist ファイルや Xcode プロジェクトファイルの書き換えが簡単に行えるわけです。
残念ながらこれらのクラスの詳細なドキュメントは用意されていません。ほんとすみませんって感じですが、PlistDocument については簡単な key-value pair ですし、PBXProject については BitBucket の方にもう少し凝ったことをやっているサンプルがありますので、とりあえず目を通してもらえるとよろしいかと。