環境変数を波及させるのって、こんな感じだったらいいのかな？

gistfile1.vim

  function! s:pushEnv(shname)
    if a:shname == 'bash'
      let l:envs = split(system('bash -c "source ~/.bashrc; source ~/.bash_profile; export"'))
    elseif a:shname == 'zsh'
      let l:envs = split(system('zsh -c "source ~/.zshrc; source ~/.zshenv; export"'))
    else
      return
    endif

    for l:env in l:envs
      unlet! l:envkeyval
      unlet! l:envkey
      unlet! l:envval
      let l:envkeyval = split(l:env, '=')
      let l:envkey = l:envkeyval[0]
      unlet l:envkeyval[0]
      let l:envval = join(l:envkeyval, '=')

      execute 'let $' . l:envkey . '="' . l:envval . '"'
    endfor
  endfunction
  call s:pushEnv('zsh')

system()よりは、vimproc#system()のほうが良いです。

あと、vimproc#system('env')でWindowsでもLinux/Macでも環境変数のリストが取れます。
こっちをパースするべきかと。

vimshell限定ということで話をします。
環境変数を保存・復元するには、vimshell#set_variables(), vimshell#restore_variables()が使えます。
iexe内部コマンドとかで使っているので参考にしてください。

おぉ、アドバイスありがとうございます！！

こっちの gist はブログに貼るために利用しちゃって書き換えられないので、
vimrc の方で vimproc#system を利用する形に変更します！