jupyter/r-notebook に日本語環境とよく使う追加パッケージを導入した作業用イメージ（ARM64）

00_jupyter_r-notebook_with_Ja_aarch64.md

About this image

jupyter/r-notebook に日本語環境を導入したもの

日本語環境：

• 日本語ロケール他：Ubuntu の language-pack-ja-base パッケージ
• TZ は Asia/Tokyo に変更
• 日本語フォントとして Noto Sans/Serif CJK JP：fonts-noto-cjk
• Chromebook では処理が重いので日本語TeX環境の整備は省略する

R 関係：

• ARM64 版のイメージは、2021-11 時点では R ver.3.6.3 の環境となっている
• R の tidyverse パッケージ群は ARM 版 jupyter/r-notebook ではインストールされていない
  • https://github.com/jupyter/docker-stacks/blob/master/r-notebook/Dockerfile
• conda/mamba でのインストールは難しいので、install.packages("tidyverse") でソースからインストールする
  • ベースの docker image にあわせて、MRAN snapshot の 2021-11-20 をインストール元とする
• その他、パッケージはできるだけ conda-forge にあるコンパイル済のものを利用する

Jupyter Lab の設定：

• 対応するカッコを自動で閉じる、コードセルの行番号、日本語表示などは overrides.json でまとめて設定
• conda-forge にある r-languageserver は aarch64 未対応なので、jupyterlab-lsp は導入せず元からあるコード補完を利用

Dockerfile

FROM jupyter/r-notebook:2021-11-20

# 日本語環境の導入（ロケール、TimeZone、フォント）
USER root
RUN set -x \
    && apt-get update \
    && apt-get install -y --no-install-recommends \
        language-pack-ja-base \
        fonts-noto-cjk \
    && /usr/sbin/update-locale LANG=ja_JP.UTF-8 LANGUAGE="ja_JP:ja" \
    && /bin/bash -c "source /etc/default/locale" \
    && ln -sf /usr/share/zoneinfo/Asia/Tokyo /etc/localtime \
    && apt-get clean \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

USER ${NB_UID}
RUN set -x \
  # Jupyter Lab extensions のインストール
  # 日本語表示の有効化などは、/opt/conda/share/jupyter/lab/settings/overrides.json で
    && mamba install -y \
        jupyterlab-language-pack-ja-jp \
  # R の追加パッケージ
    && Rscript -e 'install.packages("tidyverse", repos = "https://cran.microsoft.com/snapshot/2021-11-20")' \
    && mamba install -y \
        r-tidylog \
        r-ggally \
        r-ggsci \
        r-patchwork \
        r-gridextra \
        r-palmerpenguins \
  # Python の追加パッケージ
    && mamba install -y \
        pandas \
        seaborn \
  # cleaning
    && mamba clean --all -f -y \
    && fix-permissions "${CONDA_DIR}" \
    && fix-permissions "/home/${NB_USER}"

ENV LANG=ja_JP.UTF-8 \
    LANGUAGE=ja_JP.UTF-8 \
    LC_ALL=ja_JP.UTF-8 \
    TZ=Asia/Tokyo

overrides.json

{
    // 言語設定
    "@jupyterlab/translation-extension:plugin": {
        "locale": "ja_JP"
    },

    // テーマ設定
    "@jupyterlab/apputils-extension:themes": {
        "theme": "JupyterLab Light",
        "overrides": {
            "content-font-size1": "18px",
            "code-font-size": "16px"
        }
    },

    // コード記載部分：カッコを自動で閉じる設定、タブ、行番号など
    "@jupyterlab/notebook-extension:tracker": {
        "codeCellConfig": {
            "autoClosingBrackets": true,
            "lineNumbers": true,
            "matchBrackets": true,
            "insertSpaces": true,
            "tabSize": 4
        },
        "markdownCellConfig": {
            "autoClosingBrackets": true,
            "lineNumbers": true,
            "matchBrackets": true,
            "insertSpaces": true,
            "tabSize": 4
        }
    },
    "@jupyterlab/console-extension:tracker": {
        "promptCellConfig": {
            "autoClosingBrackets": true,
            "matchBrackets": true,
            "insertSpaces": true,
            "tabSize": 4
        }
    }
}

start_rnotebook.sh

#!/bin/sh

docker run --rm -d \
	-p 8888:8888 \
	-v ./overrides.json:/opt/conda/share/jupyter/lab/settings/overrides.json \
	--name jupyter \
	mokztk/r-notebook:2021-11-20 \
	start.sh jupyter lab --no-browser --LabApp.token=''

docker ps -a

stop_rnotebook.sh

#!/bin/bash

docker stop jupyter
docker ps -a

Jupyter Lab のパスワードをなしにするには、起動時に start.sh jupyter lab --LabApp.token=''
(start|stop)_rnotebook.sh は手元の Chromebook の Crostini にうまく docker-compose が導入できなかったため代用として作成。