il git clone, lo farei a partire da una cartella tmp, da creaere dentro la home del tuo utente su linux
sudo apt install libgeos-dev
sudo apt-get install swig
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install cmake
sudo apt-get install libproj-dev proj-data proj-bin unzip -y
sudo apt install curl && sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libcrypto++-dev libcrypto++-doc libcrypto++-utils
git clone https://github.com/OSGeo/gdal.git
cd gdal
sudo mkdir build
cd build
sudo cmake GDAL_USE_GEOS=ON ..
sudo cmake --build .
sudo cmake --build . --target install
per verificare:
gdalinfo --version
NB: occorre installare prima GEOS (sudo apt install libgeos-dev) e Python (sudo apt install python3-pip)
https://arigadicomando.it/gdal-ogr/installazione/#ambiente-linux