ROOTのTH1:Chi2Test() (http://root.cern.ch/root/html/TH1.html#TH1:Chi2Test) がnormalizeしてるか確認した。

chi2_test_normalize_check.cc

{
  TH1D *h1 = new TH1D("h1", "h1", 3, 0, 3);
  h1->Fill(1);
  h1->Fill(1);
  h1->Fill(2);
  h1->Fill(2);
  h1->Fill(2);
  h1->Fill(2);
  h1->Fill(3);
  h1->Fill(3);

  h1->Draw();


  TH1D *h2 = new TH1D("h2", "h2", 3, 0, 3);
  h2->Fill(1);
  //  h2->Fill(2);
  h2->Fill(2);
  h2->Fill(3);
  
  h2->SetLineColor(kRed);
  h2->Draw("same");

  double res[];
  cout << h1->Chi2Test(h2,"CHI2",res) << endl;

  cout << res[0] << endl;
  cout << res[1] << endl;
  cout << res[2] << endl;

  
}