prime_numbers.groovy

def get_atmos_list = { input ->
  def time_start = System.currentTimeMillis()
  def atoms = [2, 3]
  def fill_list = { n ->
    def sqrt = Math.sqrt(n) as int
    def is_atom = true
    for(i = 0; i <= sqrt - 1; i++) {
      if(n % atoms[i] == 0) {
        is_atom = false
        return
      }
    }
    if(is_atom) { atoms << n }
  }
  def next = 4
  while(next < input) {
    fill_list(next++)
  }
  def time_end = System.currentTimeMillis()
  def time_diff = (time_end - time_start)
  return [
    atoms: atoms,
    time: time_diff
  ]
}


//println get_atmos_list(10)
//println get_atmos_list(100)
//println get_atmos_list(1000)
//println get_atmos_list(10000)
println get_atmos_list(1_00_000)

¿Y si en lugar de la comprobación de números pares (next % 2 != 0) y la operación de incremento posterior, usas (next += 2)?
next se inicializa a 5 y si siempre le sumas 2, el módulo resulta redundante.

También, como la iteración siempre la comienzas en 1, el primer "atom" en realidad no es necesario, por lo que si lo eliminas y comienzas tu iteración en 0, el algoritmo sigue funcionando. Lo que es más, con este cambio es posible renombrar la lista de "atoms" a un nombre más significativo como "primes", "prime_factors", "previous_primes", etc.

Algo que noté es que esta versión no regresa en n-ésimo primo, como la que publicaste en http://www.javamexico.org/blogs/rodrigo_salado_anaya/coding_dojo_2, si no que esta regresa una "lista de primos menores que n", ¿correcto?

Saludos

Para dejar rastro de la 1ra versión:

def get_atmos_list = { input ->
  def time_start = System.currentTimeMillis()
  def atoms = [1, 2, 3]
  def sq = []
  def fill_list = { n ->
    def sqrt = Math.sqrt(n)
    def is_atom = true
    for(i = 1; i <= sqrt; i++) {
      def cn = atoms[i]
      if(n % cn == 0) {
        is_atom = false
        return
      }
    }
    if(is_atom) { atoms << n }
  }
  def next = 5
  while(next < input) {
    if(next % 2 != 0) { fill_list(next) }
    next++
  }
  def time_end = System.currentTimeMillis()
  def time_diff = (time_end - time_start)
  def f = new File("./${input}_${System.currentTimeMillis()}.txt")
  f.write(atoms.join('\n'))
  println "[${input} -> ${atoms.size()}][${atoms.last()}] (${time_diff})..."
  return atoms
}


get_atmos_list(10_000_000) // OUTPUT: [10000000 -> 664580][9999991] (283173)...
//get_atmos_list(32_416_190_071) // TODO

Estaba jugando mucho con la idea de hacer mi versión de la https://es.wikipedia.org/wiki/Criba_de_Erat%C3%B3stenes para entenderla del todo y para entenderlo mejor al final tuve que hacer otra versión pero con JS: https://rodrigosaladoanaya.github.io/criba_eratostenes/index.js

https://github.com/rodrigoSaladoAnaya/criba_eratostenes

Incluso en la versión WEB uso lo que comentas de n=+2 :P https://github.com/rodrigoSaladoAnaya/criba_eratostenes/blob/master/index.js#L26