sample.ts

module Hoge {
    export class Sample {
        constructor() {

        }

        methodA():void {
            alert('methodA');
        }

        methodB():void {
            alert('methodB');
        }
    }
}

var sample = new Hoge.Sample();
sample.methodA();
sample.methodB();

環境
node v0.11.11
typescript 0.9.5
grunt 0.4.2
grunt-cli 0.1.13
grunt-typescript 0.2.7
grunt-contrib-concat 0.3.0
grunt-contrib-uglify 0.3.2

それだとコケないねー

$ git clone https://gist.github.com/8858763.git
$ cd 8858763
$ npm install uglify-js
$ tsc sample.ts
$ ./node_modules/.bin/uglifyjs sample.js -o sample.min.js
$ cat sample.min.js
var Hoge;(function(Hoge){var Sample=function(){function Sample(){}Sample.prototype.methodA=function(){alert("methodA")};Sample.prototype.methodB=function(){alert("methodB")};return Sample}();Hoge.Sample=Sample})(Hoge||(Hoge={}));var sample=new Hoge.Sample;sample.methodA();sample.methodB();

となって再現しませんでした…。
Gruntfile.js も見てみたい気がします。

一旦全部削除してnpmのパッケージをすべてlocalインストールに切り替えたら期待取りに動作しました・・・

@vvakame 多分なんですが、globalでインストールされている物がだいぶ前にインストールしたnode_moduleの方を向いていて、期待しているものを参照してなかったのではないかと思います。
一旦関連するものをすべて削除した上で、nvmからnodeをインストール、rcファイルのpathをすべて精査した後にpackage.jsonでnpmで利用するmoduleを定義した上で、npm installでlocalインストールを実行したところ正しく動作しました。

過去のプロジェクトの呪いだと思って心清らかに乗り切ります・・・(当時関わったpjでたまたま使う必要があっただけで放置してた)

色々有り難うございます。npmのパッケージ管理とnvmの管理方法に詳しく慣れたので得るものも大きかった＞＜