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Pica pica AI

Summary

インパクトのある論文を早期に予測する AI 論文、ニホンイトヨリ日本初確認とおもしろい学名、最近観た自然ドキュメンタリーについて話しました。

Starring

エビ、イシ

soh-i

class BlastOut(object):
    def __init__(self, line):
        col = line.strip().split()
        self.col_string = line.strip()
        self.q = col[0]
        self.s = col[1]
        self.identity = float(col[2])
        self.alignment_len = int(col[3])
        self.mismatches = int(col[4])
        self.gap_open = int(col[5])

zachcp

@HD     VN:1.2  GO:query
@SQ     SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
@SQ     SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
@SQ     SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
@SQ     SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
@SQ     SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
@SQ     SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
ref|NP_001009242.1|     0       sp|P08100|OPSD_HUMAN    1       255     348M    *       0       0       *       *       AS:i:1808       EV:f:0  NM:i:0  PI:f:96.55      BS:f:701.049
sp|P56514.1|OPSD_BUFBU  0       sp|P08100|OPSD_HUMAN    1       255     333M1I8M5I7M    *       0       0       *       *       AS:i:1560       EV:f:0  NM:i:6  PI:f:84.77      BS:f:605.52
gb|ADB45242.1|  0       sp|P08100|OPSD_HUMAN    11      255     328M    *       0       0       *       *       AS:i:1625       EV:f:0  NM:i:0  PI:f:94.82      BS:f:630.558

inutano

DDBJパイプラインとGalaxyによるデータ解析

情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
大田達郎 t.ohta@dbcls.rois.ac.jp

prepared for AJACS岩手
December 5, 2014

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soh-i

Area of r1 is: 24.000000
Area of r2 is: 2079.000000
Area of c1 is: 1134.114948
Area of c2 is: 1385.442360

wakuteka

# パッケージのインストール
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Biostrings")

# パッケージのロード
library(Biostrings)

# 読み込むmultifastaファイルの指定(ここでは組み込みのデータを使用)
# 例: inFileName <- "sample.fasta"

Shinpeim

Better Java としての Scala

Hello World

• src/main/scala/Main.scala

object Main {
  def main(args: Array[String]): Unit = {
    println("hello scala!")

yuugit

def adj_iter(network, x):
    u"""network のノード x に隣接するエッジのイテレータを返す。
    素の edges_iter は存在しないノードに対してエラーを吐き面倒なので
    このジェネレータ関数で回避する。
    """

    if network.has_node(x):
        for t in network.edges_iter(x):
            yield t
    else:

soh-i

#!/usr/bin/env python

import random

try:
    from benchmarking_test import BenchmarkTest
except:
    raise ImportError

soh-i

• Replication speed => 100 nucleotide/sec
• DNA size => 3*10^9
• 3*10^9/(60sec*60min*24h*100) ≒ 350/replication origin